Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

Tesis

No description
by

Dany Arias

on 2 October 2014

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of Tesis

Universidad Técnica Particular de Loja
La Universidad Católica de Loja
ÁREA BIOLÓGICA
TITULACIÓN DE BIOQUÍMICO FARMACÉUTICO
Estudio poblacional de Oso Andino (Tremarctos ornatus) en los páramos del
Parque Nacional Podocarpus Loja - Ecuador.

TRABAJO DE FIN DE TITULACIÓN

AUTORAS: Arias Calvachi, Daniela Elizabeth
Calle Castro, Rocío Estefanía

DIRECTOR: Cisneros Vidal, Rodrigo, Blgo.
LOJA – ECUADOR
2013

Introducción
Carnívoro más grande de los páramos y de las estribaciones andinas.
Oso Andino de Anteojos
Cisneros, 2006
.
Pitman et al., 2008.
En Ecuador las poblaciones de oso Andino habitan en un área aproximada de 58.000 km2 entre páramo y bosque montano y nublado.

Mide entre 1,75 y 2 metros de longitud, de cabeza a cola y pesa entre 140 y 170 kilogramos, su pelaje es negro pero puede variar de café hasta rojizo.
El Oso Andino, es considerado una especie vulnerable (IUCN 2008) y se ha catalogado como en peligro de extinción
.
Rodríguez et at., 2003.
Este animal ocupa grandes extensiones de bosques en donde tan sólo cerca de la quinta parte del hábitat se encuentra dentro del Sistema Nacional de Áreas Protegidas.
Genética de Poblaciones
Variación de las frecuencias de alelos.
PREDICE:
Estimaciones de: el tamaño efectivo de la población, historia de la población (migración, cuello de botella, la expansión reciente), estructura de la población; cómo la selección actúa sobre los genes y la ubicación de genes enfermos.


Radica en que es uno de los predictores más poderosos de la probabilidad de la persistencia de las poblaciones.
Frecuencias de genotipo.

Frecuencias de fenotipo de las poblaciones de cada especie.
Diversidad que está determinada por un número de factores que incluyen la selección, la tasa de mutación, recombinación, la deriva genética y el tamaño efectivo de la población.
PERMITE:
IMPORTANCIA
Muestreo Genético no Invasivo
Cisneros & Viteri, 2007.
Identificar especies raras o difíciles de alcanzar.

Contar e identificar individuos.

Determinar el género.

Identificar los elementos de dieta.

Evaluar la diversidad genética, la estructura de la población, y sistema de apareamiento.
Waits & Paetkau, 2005.
LIMITANTES:

Degradación del ADN.

Presencia de inhibidores de la PCR.

Dificultad en el proceso de amplificación.

Errores en la genotipificación.
Taberlet et al., 1999.
1983
ETAPAS DE LA PCR
ETAPAS DE LA PCR
ETAPAS DE LA PCR
PCR Multiplex PCR "Touchdown"
Técnica de Biología Molecular desarrollada por Kary Mullis que permite la síntesis “in vitro” de secuencias específicas de ADN.
Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR)
Pérez, 2010.
Pérez, 2010.
Pérez, 2010.
Pérez, 2010.
Se amplifica más de una secuencia en una misma reacción.

Emplea dos o más pares de primers en un único tubo de reacción con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de ADN.

Se obtiene la información de varios loci en una sola reacción.
Elnifro et al., 2000.
Aumenta la especificidad, sensibilidad y rendimiento.

Los ciclos múltiples se programan de modo que el anillamiento en ciclos secuenciales se ejecutan a temperaturas progresivamente más bajas.

Lo que favorece el emparejamiento de bases más específica entre el primer y el molde y por lo tanto se amplifican solamente productos específicos.
Don et al., 1991; Korbie & Mattick, 2008.
Marcadores Moleculares (Microsatélites) y su utilidad en Genética Poblacional
Marcadores repetitivos, VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) o SSRs (Short Sequence Repeats), constituidos por secuencias cortas de 1 a 6 pb nucleotídicas que se repiten en tándem un elevado número de veces
Su elevada tasa de polimorfismo.
La posibilidad de poder trabajar con reducidas cantidades de ADN, que se pueden obtener sin que resulte necesario el sacrificio de ejemplares (trabajando con muestras no invasivas).
McCauley, 1995; Provan et al., 2001.
Hoelzel et al., 1993; Zardoya & Meyer, 1998.
Presentan herencia mendeliana simple

Son co-dominantes

Altamente polimórficos.

Su genotipado es fácil.


González, 2003.
METODOLOGÍA
Figueroa et al., 2013.
RESULTADOS Y DISCUSIÓN

Comprobación Cuanti - Cualitativa de ADN
Adaptación de PCR “touchdown”
1er. y 2do. Experimento
3er. Experimento
4to. Experimento
Genemapper V4.1
Genemapper V4.1
Genemapper V4.1
Tipificación genética y Equilibrio Hardy-Weinberg (HWE)
Muestras Pelo y Heces
Periodo 2009-2011
Muestras de Pelo
Periodo 2006
CONCLUSIONES

Los muestreos genéticos no invasivos son una fuente alternativa y confiable, que hace posible el estudio genético de poblacionales de animales silvestres.


El éxito del proceso de adaptación de la PCR radica en la aparición de 3 nuevos alelos confiables no reportados para la especie.


Los alelos nuevos muestran relevancia en la diversidad y estructura que tendría la población de Osos de la región con respecto a otras poblaciones estudiadas en el Ecuador.


RECOMENDACIONES
Para obtener análisis exitosos de microsatélites, se recomienda realizar el proceso de extracción una vez recolectada la muestra, evitando así que el ADN que de por sí es de baja calidad, se degrade aún más.

Para obtener resultados más exactos en análisis genéticos poblacionales se recomienda trabajar con un mayor número de individuos ya que la veracidad de los resultados radica en que se muestree un número significativo que represente a la población completa.

Se recomienda continuar con estudios genéticos poblacionales del Oso Andino con el objetivo de contestar interrogantes que nos permitirán preservar la especie y la integridad de los ecosistemas en los que habitan.

GRACIAS
Leite Pitman et al., 2008
Castellanos et al., 2010.
Limitantes:

Específico para una especie.

Mecanismos de mutación desconocidos.

Diversidad alélica oculta.

Problemas con su amplificación.
Selkoe & Toonen, 2006.
Recolección y conservación
Etanol
Bolsas de Papel
Tubos con EDTA
Método óptimo de conservación aumenta la tasa de amplificación.
Cisneros & Viteri, 2006.
Cisneros & Viteri, 2006.
El método de extracción debe asegurar un alto rendimiento y calidad de ADN obtenido.
Heces
Sangre y Pelo
Dneasy Blood and Tissue Handbook, 2010.
Dneasy Blood and Tissue Kit
QIAamp DNA Stool Mini Kit
Proporcionan información importante de la diversidad alélica del Oso Andino.
Los alelos encontrados no han sido descritos en investigaciones previas.
HWE:

Subdivisiones de las poblaciones.

Flujo de genes entre diferentes poblaciones.

Tasa de Migración.

Selección Natural sobre genes.

Poblaciones están Genéticamente desconectadas.

Los individuos son vistos como una sola poblacion debido a su pequeño tamaño.



Extrapolación
Riqueza alélica 3,11 de 5 individuos
Riqueza alélica 18,66 a 43,54 %
de 30 a 70 individuos.
Desplazamiento
Cisneros & Viteri, 2006.
Amenazas

Fragmentación del hábitat por expansión de la frontera pecuaria.

Caza furtiva para el comercio ilegal de mascotas.

Deforestación.

Explotación petrolera.

Fotografía: Jorge Armijos, 2012.
Mburu & Hanotte, 2005.
Oso Andino
(Tremarctos ornatus)
Datos de muestras de Pelo 2006
Muestras de Heces
2009-2011
Muestras de Pelo
2009-2011
Análisis
Genético
Poblacional
Extracción de ADN
QIAGEN
Cuantificación
Cualitativa y Cuantitativa
Adaptación de PCR
Amplificación por PCR
Análisis de Microsatélites
RELIOTYPE
(Fiabilidad de alelos nuevos)
Los análisis con microsatélites permiten estudiar variables genéticas de las poblaciones y/o razas, posibilitando desarrollar planes de conservación y mejoramiento.


La riqueza alélica y la heterocigosis encontradas, brindan indicios de un posible mantenimiento de los procesos históricos de flujo génico a escala regional, a pesar de la pérdida y fragmentación de hábitat que enfrenta el Oso Andino en el Sur del Ecuador.

Nanodrop
Electroforesis de geles de agarosa
128 V
300Amp
60 minutos
1 ul + 10 ul de formamida + 0,25 ul de Liz 600
Grupo 3, 2013.
Znejiang Co. Ltd., 2013.
Applied Biosystems, 2013.
Full transcript