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Capacitación en el uso del programa de marcación SciELO para

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by

Javani Araujo

on 25 November 2014

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Transcript of Capacitación en el uso del programa de marcación SciELO para

Agenda
Términos de referencia:
Entrenamiento completo para la utilización de la herramienta de marcación para generación de archivos em XML de acuerdo con el SciELO Publishing Schema.
Principales diferencias entre los modelos HTML y XML
Introducción al nuevo modelo de publicación
Image by Tom Mooring
Preparación de Archivos antes de la Marcación
Javani Araujo
Letícia Aquino
Roberta Takenaka
Suely Lucena

México, 3 a 7 de Noviembre de 2014
Capacitación en el uso del programa de marcación SciELO para generar archivos XML de acuerdo con SciELO Publishing Schema
Día 4/11
9h00-10h00 - Preparando el archivo para marcación
10h00-11h00 - Principales cambios en el programa de marcación
11h00-11h20 - Intervalo
11h20-14h00 - Iniciando la marcación de los archivos

Día 3/11
9h00-9h20 - Apertura
9h20-9h50 - Introducción al nuevo modelo SciELO de publicación
9h50-11h00 - Introducción a la preparación de los archivos antes de la marcación
11h00-11h20 - Intervalo
11h20-14h00 - Preparando el archivo para marcación

Día 5/11
9h00-11h00 - Marcación de los archivos
11h00-11h20 - Intervalo
11h20-14h00 - Marcación de los archivos

Día 6/11
9h00-11h00 - Generando el XML y verificando/corrigiendo errores
11h00-11h20 - Intervalo
11h20-14h00 - Creando las bases para procesamiento

Día 7/11
9h00-11h00 - Revisando los conceptos y la marcación
11h00-11h20 - Intervalo
11h20-14h00 - Dudas y encerramiento

La
separación
entre estructura y visualización garantizan:

mayor flexibilidad de uso del contenido;
visualización en diversos layouts y formatos;
preservación digital del contenido;
fácil intercambio entre bases de datos.

El
XML
(Extensible Markup Language) es utilizado para el intercambio de informaciones y tiene foco en el contenido, mientras tanto el
HTML
era utilizado para presentar el texto (visualización del contenido);

El
XML
permite crear cualquier etiqueta (tag) necesaria para describir el dato y su estructura y abre la posibilidad de indexación en el
Pubmed Central (PMC)
.

Mismo artículo XML siendo presentado de diferentes formas
Con XML es posible...
Flujo de trabajo de la publicación de revistas del SciELO basado en archivos de texto en XML

PubMed Central (PMC) – lo que es

Repositorio digital en acceso abierto de artículos científicos de las áreas biomédica y ciencias de la vida
Desarrollado por National Center of Biotechnology Information (NCBI)
Todo material disponible en el PMC es accesible a cualquier persona y abierto para lectura y posibilidad de reutilización
Todas las revistas con la temática de ciencias de la vida son elegibles al PMC

SciELO Mexico tiene
Dos revistas elegibles a PMC, son ellas:


Links/ Documentación recomendada:


JATS Journal Publishing DTD - http://jats.nlm.nih.gov/publishing/
Guía de Uso de Elementos y Atributos según SciELO Publishing Schema (sólo em portugués) http://docs.scielo.org/projects/scielo-publishing-schema/pt_BR/latest/
SciELO Publishing Schema http://www.scielo.org/php/level.php?lang=es&component=44&item=53
Extensible Markup Language (XML)- http://www.w3.org/XML/
The Extensible Stylesheet Language Family (XSL) - http://www.w3.org/Style/XSL/
PubMed Central Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/style.html
W3C. XML Essentials - http://www.w3.org/standards/xml/core

Con la nueva versión del programa de marcación no es más preciso la conversión de los archivos en HTML, siendo posible la marcación en archivos Word (.doc, .docx). Pero el archivo necesita estar formateado para que el programa haga la identificación automática de los elementos del artículo.
Preparación del archivo antes de la marcación
Paso-a-Paso
1. Número de DOI debe estar aliñado a la derecha, con fuente Times New Roman, tamaño 12;
2. la sección a cual el artículo pertenece debe estar aliñado a la derecha, con fuente Times New Roman, itálico, tamaño 12;
3. El título del idioma original del artículo debe estar en negrita, fuente Times New Roman, tamaño 14, centralizado. Su traducción debe venir en la línea abajo, en negrita e itálico, centralizado en el mismo tipo de fuente del título;
4. Autores, con su respectiva correspondencia de afiliación, deben estar en párrafos distintos, con fuente Arial, tamaño 12, sin recuo de párrafo;
5. La(s) afiliación(es) debe(n) venir luego abajo del grupo de autores. Cada afiliación completa, caso haya más de una, debe venir en líneas distintas, con fuente Arial, tamaño 10;
6. Notas de autor deben ser insertadas al final del documento;
7. Resumen debe venir luego después de la afiliación de los autores, con fuente New Times Roman, tamaño 12. La palabra Resumen: debe venir en negrita y con dos puntos. El resumen en si debe empezar en el párrafo siguiente, con fuente normal en caso de resumen simple. Para resúmenes estructurados, cada título debe estar en negrita, en caja alta, seguido de dos puntos. Cada parte do resumen debe venir en párrafos distintos;
8. Las palabras-clave deben venir luego abajo de su respectivo resumen, en fuente New Times Roman, tamaño 12. La información Palabras-clave: debe venir en negrita seguido de dos puntos. As palabras-clave deben venir separadas por punto y vírgula, sin negrita, finalizadas por punto;
9. Resúmenes y palabras-clave traducidos, caso haya, deben venir luego después del grupo descrito en los ítens 7 y 8. Las informaciones Abstract y Keywords deben venir en negrita e itálico;
10. El histórico debe ser incluido luego después de los resúmenes y palabras-clave. Cada una de las
informaciones de acepto, recibido y/o revisado deben estar en líneas distintas;
11. Saltar una línea entre los grupos de informaciones.

Formateando datos básicos del artículo
1. Secciones: Fuente New Times Roman, tamaño 16, centralizado, en negrita, con la primera letra en caja alta;
2. Sub-secciones: Fuente New Times Roman, tamaño 14, centralizado, en negrita, con a primera letra en caja alta;
3. Cuerpo del texto: Fuente New Times Roman, tamaño 12, justificado SIN recuo de párrafo. NO saltar línea entre un párrafo y otro;
4. Notas de pie deben acompañar el texto y NO pueden ser insertadas al final de él como bloco único;
5. Citaciones con más de tres líneas: Fuente New Times Roman, tamaño 10, recuo de 4 cm de la margen izquierda;
6. Leyenda de tablas y figuras: Fuente New Times Roman, tamaño 12, centralizado. Título en negrita separado por dos puntos de la descripción sin negrita;
7. Citaciones de Figuras y Tablas en el cuerpo del texto deben venir con la primera letra en caja alta;
8. Imágenes deben estar en el cuerpo del texto, insertadas en png o jpg, centralizadas. Deben ser presentadas como imágenes: gráficos, cuadros, fotografías, diagramas y, en algunos casos, tablas e ecuaciones. Figuras deben estar aliñadas con el texto;
9. Tablas NO deben contener células mezcladas, imágenes o caracteres especiales. Si este fuera el caso, deben ser capturadas como imagen. Seguir instrucción anterior;
10. El título de las columnas de las tablas debe estar en negrita y los datos del cuerpo de la tabla con fuente normal. Apenas en casos como de nombres científicos se debe usar el itálico;
11. Notas de tabla deben estar luego debajo de la tabla, fuente New Times Roman, tamaño 10, centralizado.
12. Ecuaciones pueden estar en mathtype o en imagen. En este último caso, seguir instrucción 8. Ecuaciones en imagen deben estar aliñadas con el texto;
13. Remover todos los links escondidos del texto. Mantener apenas a los que si refieren a URL;
14. Saltar dos líneas entre el título de la sección y el inicio del texto y así sucesivamente;
15. Citaciones del tipo autor y data deben estar entre paréntesis, con el apellido del autor seguido por el año (Souza, 2007), primera letra en caja alta;
16. Citaciones numéricas deben estar entre paréntesis y sobrescrito (1)

Formateando el cuerpo del texto
1. Agradecimientos, caso haya, deben venir luego después de la última sección del cuerpo del texto. A palabra “Agradecimientos”, o su equivalente en otro idioma, debe estar en negrita, fuente New Times Roman, tamaño 16, centralizado. El párrafo siguiente debe estar sin recuo con fuente normal, tamaño 12;
2. Referencias bibliográficas deben venir después de los agradecimientos, cuando este existir, o después del último elemento del cuerpo del texto. Deben estar en orden alfabética sin recuo, aliñados a la izquierda, sin saltar línea, en fuente Times New Roman, tamaño 12;
3. En caso de referencias con orden numérica, añadir su número correspondiente en el inicio de la referencia;
4. Notas de autor como mini-currículo, por ejemplo, deben ser insertadas como nota después de las referencias bibliográficas;
5. Apéndices, anexos, glosarios, y material suplementario deben ser insertados preferentemente en PDF con lo cual si hará un link para el texto completo. Caso este material sea parte del archivo, él debe venir después de las referencias bibliográficas y seguir las mismas instrucciones de formateo del cuerpo del texto;
6. Salta una línea entre los grupos de informaciones.

Formateando los datos pos-texto
Apéndices/Anexos/Glosarios/Material Suplementario (ver orientaciones de “formateando el cuerpo del texto”)
Preferentemente debe ser incluido como PDF aparte.

Iniciando la marcación del archivo
Lo que hay de nuevo
- No es necesaria la conversión para HTML;
- Para generar el XML se usa la estructura DOC
- En DOC
- no es necesario llenar la issue en la title manager para iniciar la marcación
- no hay división en front, body y back
- Las etiquetas son dividas en:
a) fluctuantes (primer nivel de botones) y pueden estar presentes en cualquier parte del artículo, y
b) de los elementos del texto (según nivel de botones
Antes de iniciar la marcación
Antes de iniciar la marcación, es necesario garantizar que la estructura de carpetas esté como sigue:
Iniciando el marcaje del artículo
Después de creada la estructura de carpetas, es necesario pegar el archivo word en scielo_markup y el PDF en src. Los archivos deben tener el mismo nombre, sin espacios, diacríticos o caracteres especiales
Abrir el programa y el artículo
Elegir "doc" como el formato de marcación
Llenar la pantalla con los datos del número
Marcando datos básicos del artículo
Por cuenta de la preparación del archivo antes de la marcación algunos datos serán marcados automáticamente. Son ellos:
DOI
Sección del artículo en la tabla de contenido
Título original y traducidos
Autor(es)
Afiliación
Puede ocurrir de algunos datos sean marcados indebidamente o no sean marcados. En estos casos, su identificación/corrección tendrá que ser manual.
Marcando los resúmenes, palabras-clave y histórico del artículo
Hay dos etiquetas para identificar los resúmenes: uno para resumen simple (
abstract
) y otro para resumen estructurado (
xmlabstr
)
Las palabras-clave son marcadas con la etiqueta
*kwdgrp.
Todas los botones que tienen asteriscos son usadas para marcar automáticamente datos comunes.
Marcando las referencias
bibliográficas
Las referencias deben ser marcadas antes de la marcación del cuerpo del texto, pues sus datos serán usados para identificar las citaciones hechas por el autor. Vamos a ver la marcación de los tipos más frecuentes en los artículos disponibles en SciELO:

Marcando las referencias
Artículo de revista
Monografía y
capítulo de livros
Tesis
Conferencia
Leyes
Web
Relatorio Técnico
Software
Iniciando la marcación del cuerpo del texto
7.Listas
1.Cuerpo del artículo
2.Secciones
3.Figuras
4.Tablas en texto

5.Tablas en imagen
6.Referencias cruzadas
Agradecimientos
Los agradecimientos son marcados con el botón "
ack
". Si hay datos de financiamiento de agencias de fomento, el dato también precisa ser marcado. La etiqueta
Funding
se encuentra dentro de "
p
".
Las notas son marcadas con el botón fngrp. Cuando relacionadas al autor quedarán en "front" y si es otro tipo de nota quedarán en "back". Esto solo será visible cuando acceder al XML generado después de la marcación.
Notas de autor y de pie
Etiquetas fluctuantes
Son aquellas que pueden estar en cualquier parte del artículo:
clinical trial
correspondencia
lista de definiciones
ecuaciones
figuras
glosario
lista
ignorar
reseña
citación longo
suplemento
tabla
uri
xref
Generando el XML
Después de la identificación de todos los elementos del texto será posible generar el XML.
En el topo de la pantalla si encuentran algunos botones del programa con los cuales será posible generar el XML y verificar posibles errores

Marcando apéndice y anexos
Generando el XML
Verificando informes
Creando las bases para procesamiento
Ventajas del nuevo proceso
No hay más la dependencia de la title para el marcaje de textos;
No hay la necesidad de conversión para el HTML;
La nueva metodología va al encuentro de los cambios tecnológicos mundiales y a los que el equipo SciELO está desarrollando para dar a las colecciones y las revistas mayor independencia y rapidez en el procesamiento de los números;
SciELO va a estudiar formas de salida del XML que sean comunes y que puedan ser usadas por todas las revistas de las colecciones con el objetivo de disminuir el costo de publicación.
Con el converter será posible generar la carpeta "base" que será utilizada en el procesamiento del número. Vamos a verificar como harcerlo ahora.
http://tinyurl.com/ks2mkxu
http://tinyurl.com/qewq3vm
http://tinyurl.com/n8x5zzz
http://tinyurl.com/ne3b98m
http://tinyurl.com/mgtoce5
http://tinyurl.com/lpjerfy
http://tinyurl.com/lo7ec39
http://tinyurl.com/lwaf5pe
http://tinyurl.com/mmsjq6v
Fijando los conceptos y sacando las dudas
Ejercicios
Marcando:

Reseña
http://tinyurl.com/nqmghxz
Carta
Errata
En el futuro
Con el nuevo sitio nuevo en desarrollo:
No habrá más procesamiento. La publicación será hecha en línea, o sea, así que estén listos serán publicados en el sitio;
La administración de los servicios será hecha en la nube, con gestión y soporte de SciELO Brasil
GRACIAS
Javani Araujo
Letícia Aquino
Roberta Takenaka
Suely Lucena

scielo@scielo.org
http://tinyurl.com/otqslqx
http://tinyurl.com/msdmvt9
http://tinyurl.com/pgdlg9m
http://tinyurl.com/ntnkydd
http://tinyurl.com/mjm52kw
http://tinyurl.com/k3edq95
http://tinyurl.com/nja4nxb
http://tinyurl.com/mz24wok
http://tinyurl.com/kxb26lu
http://tinyurl.com/nzue8k9
http://tinyurl.com/lt2smjy
http://tinyurl.com/latgn8f
http://tinyurl.com/pd88lhu
http://tinyurl.com/o4hbv3w
Style Checker
Es un validador online del XML generado, o no, por el markup.
Presenta informe detallado acerca del XML verido su conformidad con el SciELO PS.
http://manager.scielo.org/tools/validators/stylechecker/
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