Introducing 

Prezi AI.

Your new presentation assistant.

Refine, enhance, and tailor your content, source relevant images, and edit visuals quicker than ever before.

Loading…
Transcript

PAJEK

Dominik Kopaczek

Co to jest Pajek?

Pajek (pająk po słoweńsku) - program służący do analizy dużych sieci. Jest swobodnie dostępny dla użytku niekomeryjnego.

Po uruchomieniu wygląda tak jak na obrazku niżej.

Co to jest Pajek?

Historia

Pajek powstał 15 listopada 1996r. Mimo to że jest notatka o ostatniej wersji 06.12.2004r., program cały czas się rozwija. Tak jak widać na ss poniżej ostatni update jest z 24.10.17r. Szczegółowa historia jest dostępna pod tym linkiem: http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/history.htm

Historia

Przykłady zastosowań i struktura programu

Więcej o Pajek ...

Struktura programu

Główne okno programu zawiera 6 różnych struktur tj :

- networks: sieci które zawierają węzły i połączenia,

- partitions: węzły i przynależność do grup

- vectors: wektory wartości dla węzłów

- permutations: uporządkowanie węzłów

- cluster: podzbiory węzłów

- hierarchy: hierarchiczne uporządkowane clustry i węzły

networks

Domyślnym rozszerzeniem jest ".NET". Służy do wizualizacji za pomocą wierzchołków i linii. Może przyjmować dane wejściowe w czterech postaciach:

1) Korzystanie z łuków / krawędzi 2) Korzystanie z Arcslist / Edgeslist

3) Korzystanie z Matrixa

4) UCINET, GEDCOM

partitions

Mówi nam, który wierzchołek należy do którego wierzchołka klasy. Domyślnym rozszerzeniem jest ".CLU".

partitions

vectors

Daje to pewną właściwość liczbową dla każdego wierzchołka, co później pomoże w szybkim określeniu danych przez samo patrzenie na wierzchołek i wykonuje operacje na podstawie wartości wierzchołka lub jego wektora. Domyślnym rozszerzeniem jest ".VEC".

permutations

Służy do zmiany kolejności wierzchołków przy użyciu podstawowych permutacji matematycznych (tj. Sekwencyjnie przestawiających dane). Domyślne rozszerzenie to ".PER".

permutations

cluster

Podaje podzbiór wierzchołków, przypisuje zestaw obserwacji do podzbiorów (zwanych klastrami), aby obserwacje w tym samym skupisku były w pewnym sensie podobne. Domyślnym rozszerzeniem jest ".CLS".

cluster

hierarchy

Pokazuje zależność między uporządkowanymi wierzchołkami na podstawie poziomu priorytetu (hierarchii). Rozpoczyna się od poziomu głównego (najwyższy priorytet) i rozciąga się do najdalej oddalonej gałęzi wykresu. Domyślnym rozszerzeniem jest ".HIE".

Przykłady zastosowań

Genealogia prezydentów USA

Wizualizacja społeczności

Lokalne i globalne badania naukowe

Randomowa sieć

Przykładowa

analiza danych PAJEK

NETWORKS

NETWORKS

Utworzyłem przykładową losową sieć z 8 wierzchołkami i 5 węzłami. Zrobiłem to następująco. Rozwinąłem menu Network -> Create Random Network a następnie wybrałem Total No. of Arcs.

Następnie określiłem

wartości parametrów jak

widać na SS obok.

NETWORKS

W seksji networks pojawiła się nasza sieć. Aby uzyskać jej wykres wystarczy kliknąć w ołówek zaznaczony na SS.

PARTITIONS

PARTITIONS

Następnie utworzyłem dwie klasy tj. do klasy "1" należą wierzchołki z nieparzystym numerem, a do klasy "2" z parzystym.

Wszedłem w menu Partitions -> Create Constant Partition

Wprowadziłem dane tj Dimension - rozmiar sieci, constant - losowe (ponieważ zaraz zmienimy)

PARTITIONS

W sekcji Partitions pojawił nam się nowy plik. Zmieniamy dane po kliknięciu w zaznaczoną lupe na SS. Ustawiamy dane w tabelce według założonych celów. Następnie zaznaczamy "ptaszek" w sekcji Partitions, aby była brana pod uwagę podczas tworzenia wizualizacji sieci i klikamy ponownie w ikonkę ułówka który rysuje sieć.

PARTITIONS

Ponowna wizualizacja sieci z uwzględnieniem Partitions

VECTORS

VECTORS

W kolejnym kroku utworzyłem tablice dla Vectors, która ma przypisane na sztywno wartości dla poszczególnych wierzchołków. Im wyższy numer wierzchołka tym wyższa wartość została przypisana.

Po kliknięciu w Vector -> Create Constant Vector wprowadziłem przykładową wartość zmiennej Constant.

VECTORS

W sekcji Vectors pojawił się nowy plik. Pamiętamy o zaznaczeniu "ptaszka" aby został wzięty pod uwagę w momencie ponownego rysowania wykresu. Klikamy w lupę w celu zmiany parametrów na zgodne z założeniami.

VECTORS

Ponowna wizualizacja sieci z uwzględnieniem sekcji Vectors.

W tym celu w sekcji Networks klikamy ponownie ikonkę ołówka.

PERMUTATIONS

PERMUTATIONS

W celu utworzenia pliku Permutations klikamy w zakładkę Permutations -> Create Identity Permutation a następnie wprowadzamy przykładową wartość np 8.

W sekcji Permutation pojawił nam się nowy plik. W celu sprawdzenia wartości klikamy lupę.

PERMUTATIONS

Została zastosowana permutacja Mirros permutation. Kolejność w tabelce się zmieniła, lecz wizualiacja nie.

CLUSTER

CLUSTER

Na wizualizacjach poniżej przedstawiłem utworzenie dwóch randomowych Clusters przedstawiających 6 wierzchołków z 8(wszystkich).

W menu klikamy Cluster -> Create Random Cluster a następnie określamy wartości dla dwóch parametrów.

Standardowo w sekcji Cluster pojawił się nowy plik.

CLUSTER

W celu sprawdzenia danych w tablce klikamy lupę. Pamiętamy o "ptaszku" w celu zastosowania zmian do wizualizacji sieci.

Klikamy ponownie ikonkę ołówka w sekcji Networks, aby narysować wykres.

CLUSTER

Ponownie utworzyłem Randomowy Cluster o takich samych parametrach.

Klikamy ponownie ikonkę ołówka w sekcji Networks, aby narysować wykres.

HIERARCHY

HIERARCHY

Aby utworzyć widniejącą niżej hierarchię wszedłem w Operations -> Network + Cluster -> Dissimiarity -> Network based -> d1 -> All. Następnie wskazałem lokalizację zapisu pliku na dysku. W sekcji hierarchy pojawił się nowy plik.

HIERARCHY

Klikamy ponownie w ołówek w sekcji Networks. Tabela wartości hierarchii i wizualizacja sieci znajdują się poniżej. Załączone również zostało potwierdzenie utworzenia Hierarchii.

Bibliografia

V. Batagelj, A. Mrvar: Pajek - Program for Large Network Analysis. Connections 21(1998)2, 47-57

Bibliografia

http://www.pcquest.com/visualizing-graphs-pajek/

Learn more about creating dynamic, engaging presentations with Prezi