Create your own polished presentation in minutes. Just describe what you need.
Free to try, no credit card requiredPAJEK
Dominik Kopaczek
Co to jest Pajek?
Pajek (pająk po słoweńsku) - program służący do analizy dużych sieci. Jest swobodnie dostępny dla użytku niekomeryjnego.
Po uruchomieniu wygląda tak jak na obrazku niżej.
Co to jest Pajek?
Historia
Pajek powstał 15 listopada 1996r. Mimo to że jest notatka o ostatniej wersji 06.12.2004r., program cały czas się rozwija. Tak jak widać na ss poniżej ostatni update jest z 24.10.17r. Szczegółowa historia jest dostępna pod tym linkiem: http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/history.htm
Historia
Przykłady zastosowań i struktura programu
Więcej o Pajek ...
Struktura programu
Struktura programu
Główne okno programu zawiera 6 różnych struktur tj :
- networks: sieci które zawierają węzły i połączenia,
- partitions: węzły i przynależność do grup
- vectors: wektory wartości dla węzłów
- permutations: uporządkowanie węzłów
- cluster: podzbiory węzłów
- hierarchy: hierarchiczne uporządkowane clustry i węzły
networks
networks
Domyślnym rozszerzeniem jest ".NET". Służy do wizualizacji za pomocą wierzchołków i linii. Może przyjmować dane wejściowe w czterech postaciach:
1) Korzystanie z łuków / krawędzi 2) Korzystanie z Arcslist / Edgeslist
3) Korzystanie z Matrixa
4) UCINET, GEDCOM
partitions
Mówi nam, który wierzchołek należy do którego wierzchołka klasy. Domyślnym rozszerzeniem jest ".CLU".
partitions
vectors
vectors
Daje to pewną właściwość liczbową dla każdego wierzchołka, co później pomoże w szybkim określeniu danych przez samo patrzenie na wierzchołek i wykonuje operacje na podstawie wartości wierzchołka lub jego wektora. Domyślnym rozszerzeniem jest ".VEC".
permutations
Służy do zmiany kolejności wierzchołków przy użyciu podstawowych permutacji matematycznych (tj. Sekwencyjnie przestawiających dane). Domyślne rozszerzenie to ".PER".
permutations
cluster
Podaje podzbiór wierzchołków, przypisuje zestaw obserwacji do podzbiorów (zwanych klastrami), aby obserwacje w tym samym skupisku były w pewnym sensie podobne. Domyślnym rozszerzeniem jest ".CLS".
cluster
hierarchy
hierarchy
Pokazuje zależność między uporządkowanymi wierzchołkami na podstawie poziomu priorytetu (hierarchii). Rozpoczyna się od poziomu głównego (najwyższy priorytet) i rozciąga się do najdalej oddalonej gałęzi wykresu. Domyślnym rozszerzeniem jest ".HIE".
Przykłady zastosowań
Przykłady zastosowań
Genealogia prezydentów USA
Genealogia prezydentów USA
Wizualizacja społeczności
Wizualizacja społeczności
Lokalne i globalne badania naukowe
Lokalne i globalne badania naukowe
Randomowa sieć
Randomowa sieć
Przykładowa
analiza danych PAJEK
Przykładowa
analiza danych PAJEK
NETWORKS
NETWORKS
Utworzyłem przykładową losową sieć z 8 wierzchołkami i 5 węzłami. Zrobiłem to następująco. Rozwinąłem menu Network -> Create Random Network a następnie wybrałem Total No. of Arcs.
Następnie określiłem
wartości parametrów jak
widać na SS obok.
NETWORKS
W seksji networks pojawiła się nasza sieć. Aby uzyskać jej wykres wystarczy kliknąć w ołówek zaznaczony na SS.
PARTITIONS
PARTITIONS
Następnie utworzyłem dwie klasy tj. do klasy "1" należą wierzchołki z nieparzystym numerem, a do klasy "2" z parzystym.
Wszedłem w menu Partitions -> Create Constant Partition
Wprowadziłem dane tj Dimension - rozmiar sieci, constant - losowe (ponieważ zaraz zmienimy)
PARTITIONS
W sekcji Partitions pojawił nam się nowy plik. Zmieniamy dane po kliknięciu w zaznaczoną lupe na SS. Ustawiamy dane w tabelce według założonych celów. Następnie zaznaczamy "ptaszek" w sekcji Partitions, aby była brana pod uwagę podczas tworzenia wizualizacji sieci i klikamy ponownie w ikonkę ułówka który rysuje sieć.
PARTITIONS
Ponowna wizualizacja sieci z uwzględnieniem Partitions
VECTORS
VECTORS
W kolejnym kroku utworzyłem tablice dla Vectors, która ma przypisane na sztywno wartości dla poszczególnych wierzchołków. Im wyższy numer wierzchołka tym wyższa wartość została przypisana.
Po kliknięciu w Vector -> Create Constant Vector wprowadziłem przykładową wartość zmiennej Constant.
VECTORS
W sekcji Vectors pojawił się nowy plik. Pamiętamy o zaznaczeniu "ptaszka" aby został wzięty pod uwagę w momencie ponownego rysowania wykresu. Klikamy w lupę w celu zmiany parametrów na zgodne z założeniami.
VECTORS
Ponowna wizualizacja sieci z uwzględnieniem sekcji Vectors.
W tym celu w sekcji Networks klikamy ponownie ikonkę ołówka.
PERMUTATIONS
PERMUTATIONS
W celu utworzenia pliku Permutations klikamy w zakładkę Permutations -> Create Identity Permutation a następnie wprowadzamy przykładową wartość np 8.
W sekcji Permutation pojawił nam się nowy plik. W celu sprawdzenia wartości klikamy lupę.
PERMUTATIONS
Została zastosowana permutacja Mirros permutation. Kolejność w tabelce się zmieniła, lecz wizualiacja nie.
CLUSTER
CLUSTER
Na wizualizacjach poniżej przedstawiłem utworzenie dwóch randomowych Clusters przedstawiających 6 wierzchołków z 8(wszystkich).
W menu klikamy Cluster -> Create Random Cluster a następnie określamy wartości dla dwóch parametrów.
Standardowo w sekcji Cluster pojawił się nowy plik.
CLUSTER
W celu sprawdzenia danych w tablce klikamy lupę. Pamiętamy o "ptaszku" w celu zastosowania zmian do wizualizacji sieci.
Klikamy ponownie ikonkę ołówka w sekcji Networks, aby narysować wykres.
CLUSTER
Ponownie utworzyłem Randomowy Cluster o takich samych parametrach.
Klikamy ponownie ikonkę ołówka w sekcji Networks, aby narysować wykres.
HIERARCHY
HIERARCHY
Aby utworzyć widniejącą niżej hierarchię wszedłem w Operations -> Network + Cluster -> Dissimiarity -> Network based -> d1 -> All. Następnie wskazałem lokalizację zapisu pliku na dysku. W sekcji hierarchy pojawił się nowy plik.
HIERARCHY
Klikamy ponownie w ołówek w sekcji Networks. Tabela wartości hierarchii i wizualizacja sieci znajdują się poniżej. Załączone również zostało potwierdzenie utworzenia Hierarchii.
Bibliografia
V. Batagelj, A. Mrvar: Pajek - Program for Large Network Analysis. Connections 21(1998)2, 47-57
Bibliografia
http://www.pcquest.com/visualizing-graphs-pajek/
Create your own polished presentation in minutes. Just describe what you need.
Free to try, no credit card required