Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

Array U.A.B.

No description
by

Carles Garrido

on 4 May 2017

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of Array U.A.B.

Citogenètica mitjançant arrays: eina definitiva?
Què és?
Screening de tot el genoma per avaluar reorganitzacions no equilibrades, guanys o pèrdues, duplicacions o delecions.
En un únic experiment s'estudien milers de gens a la vegada.

Com funciona?
Es compara un DNA problema amb un DNA control mitjançant una hibridació genòmica comparada en un suport sòlid anomenat xip.
Base tècnica:
Theisen, A. Microarray-based comparative genomic hybridization (aCGH). Nature Education 1(1), (2008)
http://www.nature.com/scitable/topicpage/Microarray-based-Comparative-Genomic-Hybridization-aCGH-45432


Array CGH: El procés complet

El Microarray
Història de la Genètica:
Human Genome Project
1960
1970
1980
1983
1987
1995
2000
2003
2005
2006
2007
2011
Era Pre-genòmica
Era Post-genòmica
Cariotip (bandes G)
Seqüenciació Sanger
FISH (fluorescence in situ hibridization)
PCR (polymerase chain reaction)
RT-PCR (Real Time Quantitative)
Primer seqüenciador automatitzat
Tecnologia Microarrays
Microarrays comercials
NGS (next generation sequencing)
Primer seqüenciador Illumina
Primer seqüenciador Life Technologies
Primer seqüenciador Ion Torrent
MLPA (Multiple Ligation-dependent Probe Amplification)
2002
Tècniques Actuals per l'Estudi d'Alteracions Genètiques
Resolució
Cobertura
Aplicacions
Tècnica
Cariotip
FISH
MLPA
QF-PCR
ArrayCGH
5-10 Mb
200-300 Kb
Segons disseny
25-75 Kb
23 parells cromo
Locus esp.
45 loci/exp.
13, 18, 21, X e Y
Genoma complet
Cariotip:

Infertilitat.
Síndromes cromosòmics reconeixibles (~3% de positius).
Miscel·lània (inversions,translocacions...)
FISH:

Screening aneuploidies en DP y PGD.
Confirmació de resultats dels arrayCGH.
Sd. microdeleció i estudi de regions subtelomèriques.
MLPA:

Pacients amb retard mental.
Estudi de regions subtelomèriques.
Patrons de metilació.
Dissenys específics.
QF-PCR:

Screening aneuploidies en DP y PGD
ArrayCGH:

Possible tècnica d'elecció en DP y en postnatal.
Augment de fins el ~15% en cromosomopaties.
Important: aplicar la resolució correcta.
Per què és un cariotip molecular l'arrayCGH?
En Prenatal:
- Alteracions ecogràfiques (~5%)
- Cariotip normal o anòmal del fetus
- Història familiar amb anomalia cromosòmica
- No creixement cel·lular del material biològic
- Edat materna
- Ansietat (?)
- Altres indicacions
En Postnatal:
- Retard de desenvolupament idiopàtic
- Transtorns de l'espectre autista
- Múltiples anomalies congènites
Carles Garrido Fusté
Cap de Departament de FISH i Arrays
Màster Citogenètica i Biologia de la Reproducció
UAB 2017-2018

Casos pràctics
Array CGH: arr[hg19] 15q25.2q26.3(81.795.278-102.383.476)x4
FISH: 47,XX,+mar.ish(15)(q25.2q26.3)(D15Z1x0,D15S936x2)
Indicacions per ArrayCGH:
Cas Postnatal:
Mostra sang total.
Nena sense informació clínica
Important: rebre tota la informació clínica possible, per poder detallar l'informe al màxim.
Resultat:
arr[hg18] 22q11.21(17.274.835-18.691.784)x1
deleció de ~1,4 Mb associada amb CATCH 22 OMIM:188400, Síndrome de DiGeorge / OMIM: 192430, Síndrome Velo-Cardio-Facial
Cariotip: 46,XX
Cas Prenatal:
Mostra de vellositat corial

Sexe fetal: femení (QF-PCR o cariotip)

Indicació: alteració ecogràfica (TN alterada)
Cariotip: 46,XX
Resultat:
arr[hg18] 11p15.5(1.669.170-2.691.633)x3pat
Amplificació de ~1Mb associada amb dos síndromes:
OMIM: 103280 Síndrome de Silver-Russell
OMIM: 130650 Síndrome de Beckwith-Wiedemann
Estudi familiar: Herència paterna (fenotip normal però amb una macrosomía notable -BWS-)
Penetrància: ? Tumor de Wilms en edats infantils
Pronòstic: ?
Cas Prenatal
Mostra de LA

Alteració ecogràfica: seqüència VACTERL

Cariotip: 46,XX/47,XX,+mar

Mosaic en el 30% de les metafases estudiades
Elaboración Informe
Base de dades interna
Informe
Casos pràctics publicats
Bibliografia
arr[hg 18]22q11.1q11.21(14.434.691-17.193.985)x3
Resultat:
Amplificació de ~2,7Mb (eucromatina) associada amb un marcador extranumerari vist en el cariotip, inv dup(22)(q11.21), relacionat amb el síndrome Cat Eye.
Origen
de novo
Quadre clínic conegut
Dra. Esther Geán
Tecnologia per Cariotip Molecular o arrayCGH
- No detecció de reordenaments equilibrats
Resolució i sensibilitat

Informació de tot el genoma
Temps de resultat
Disseny dirigit per a tot tipus de mostres amb DNA (saliva, restes abortives...)
Tècnica automatitzable i robusta
Desavantatges
Avantatges
- No detecció de mosaics de baix %, marcadors sense eucromatina ni triploïdies
- No detecció de regions no estudiades per l'array
- CNVs/VOUS
Gràcies
per la vostra atenció

Genètica clínica
Cas postnatal:
Mostra de sang total, nena de 3 mesos i mig
Clínica: microcefalia, retard psicomotor, hipotonia axial, absència de control cefàlic, fixació inconstant de la mirada, tendència a incurvació del tronc cap a enrera. Cardiopatia (CIA+CIV+estenosis pulmonar), llavi superior en forma de "V" invertida, pell clara i arrel d'implantació del cabell baixa.
Consanguinitat, pares cosins germans.
Ecografia cerebral, cariotip, CATCH22 i valoració oftalmològica: normals.
Resultat:
arr[hg18] 9q34.3(138.395.514-140.138.805)x1
Deleció 9qter de ~1,7Mb associada al síndrome de Kleefstra o de microdeleció 9q34.3
115 casos publicats.
Origen: en estudi
Quadre clínic perfectament compatible amb el rebut pel client.
NGS (next generation sequencing)
Màxima resolució
Exoma o panels
Seqüenciació completa del genoma
Seqüenciació de l'exoma
Seqüenciació de regions específiques amb un panel previament dissenyat
Sospitosos Habituals: CNVs/VOUS
Cariotip convencional:
Cariotip molecular.
Cas prenatal
Mostra LA de 21 setmanes
Cardiopatia amb communicació intraventricular (CIV). retard de creixement intrauterí (CIR). Cariotip normal: 46,XX
Resultat:
arr[hg19](16)x3
Trisomia del cromosoma 16 en mosaic
Origen: No disjunció mitòtica post-zigòtica o a retard en l'anafase. "De novo".
Quadre compatible amb les alteracions ecogràfiques
Cas postnatal:
Mostra sang total
Nen 8 anys amb seguiment per crisis complexes i trastorn de l'espectre autista. Epilèpsia focal secundària.
Resultat:
arr[hg19] (X)x2,(Y)x1
Duplicació de tot un cromosoma X en una mostra d'un pacient masculí, corresponent al síndrome de Klinefelter
Quadre variable però compatible amb el pacient.
Cas postnatal
Retard cognitiu amb trastorn de conducta i de l'espectre autista.
Resultat:
arr[hg 18] 7q11.23(72.367.665-73.771.268)x3
Amplificació 7q11.23 de ~1,4 Mb associada al síndrome de microduplicació 7q11.23.
Quadre perfectament compatible amb el pacient
Cariotip convencional:
Cariotip molecular:
t(1;8;9)
Full transcript