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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy

Aula Teórica do Curso Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy ministrado no CNPTIA, Campinas - SP, 2013.06.11
by

Felipe Rodrigues da Silva

on 11 June 2013

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Transcript of Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy

no LMB
Felipe Rodrigues da Silva
Lab. de Bioinformática Aplicada - LBA
Lab. Multiusuário de Bioinformática - LMB
Embrapa Informática Agropecuária
felipe.silva@embrapa.br
Adhemar Zerlotini Neto
felipe.silva@embrapa.br
Análise de dados de
RNA-Seq
utilizando o Galaxy

EST – Expressed Sequence Tag
DNA
RNA
proteína
Dogma Central da Biologia
clonar
sequenciar
RNAseq:
Transcritos
Unidades de serviço

Unidades de pesquisa de produtos

Unidades de pesquisa de temas básicos

Unidades de pesquisa ecorreginais
Embrapa
No século passado!
Biologia na Unicamp
1989
Embrapa Algodão
Embrapa Arroz e Feijão
Embrapa Caprinos e Ovinos
Embrapa Florestas
Embrapa Gado de Corte
Embrapa Gado de Leite
Embrapa Hortaliças
Embrapa Milho e Sorgo
Embrapa Pesca, Aquicultura
Embrapa Soja
Embrapa Suínos e Aves
Embrapa Trigo
Embrapa Uva e Vinho
Embrapa Mandioca e Fruticultura
Embrapa Agrobiologia
Embrapa Agroenergia
Embrapa Agroindústria de Alimentos
Embrapa Agroindústria Tropical
Embrapa Estudos e Capacitação
Embrapa Informática Agropecuária
Embrapa Instrumentação
Embrapa Meio Ambiente
Embrapa Monitoramento por Satélite
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia
Embrapa Solos
Embrapa Mato Grosso
Embrapa Meio-Norte
Embrapa Pantanal
Embrapa Rondônia
Embrapa Roraima
Embrapa Semiárido
Embrapa Tabuleiros Costeiros
Embrapa Acre
Embrapa Agropecuária Oeste
Embrapa Amapá
Embrapa Amazônia Ocidental
Embrapa Amazônia Oriental
Embrapa Cerrados
Embrapa Clima Temperado
Embrapa Café
Embrapa Gestão Territorial
Embrapa Informação Tecnológica
Embrapa Produtos e Mercado
Embrapa Quarentena Vegetal
5
14
17
11
informática
Como eu fui parar lá?
1983 - Tia Nini
1991 - AAoW
1992 - Bacherelado
1996 - Mestrado
1997 - Grupo Genoma CBMEG
2001 - Doutorado
2009 - Posdoc - IC
1992 - 386 Colorido!
9.660
empregados
2.392
pesquisadores
(24.8%)
74% - doutores
7% - posdocs
Orçamento 2012
R$ 2,1 bilhões.
+
(bio)
=
http://www.embrapa.br/a_embrapa/missao_e_atuacao
Francisco Pereira Lobo
Francisco Lobo
Caminho...
MHz
vs
http://www.cnptia.embrapa.br/~felipes/RNAseq2013
NGS
6 x 100pb / 8 dias
96 x 800pb / 12 horas
96 x 800pb / 12 horas
x número de máquinas...
6.000.000.000 x 100pb / 10 dias
Francisco Pereira Lobo
Adhemar Zerlotini
Galaxy
ferramentas
dados
história
Dados
processados
cinza: na fila
amarelo:
processando
verde: pronto
sem saber programar
sem saber *nix
várias ferramentas na mesma interface
mesmo depois que se apagam os dados
pode salvar a sequência de passos (workflow)
guarda todos os passos (e parâmetros) das análise
Tuxedo Suite
Trinity
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