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Microbiología

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by

Abril Sánchez

on 5 October 2015

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Transcript of Microbiología

1. La/el médico debe tener un diagnóstico presuntivo basado en la clínica: signos, síntomas, epidemiología

2. Seleccionar el sitio anatómico para la toma de muestra y tomarla adecuadamente

3. Asegurar la sobrevivencia del microorganismo con un medio de transporte adecuado

4. La mayoría de las muestras deben procesarse en las siguientes 2 horas después de haberlas tomado.
Otras consideraciones
Para cultivos bacterianos no almacenar por más de 24 hrs.
Los cultivos anaerobios deben procesarse inmediatamente después de la toma de la muestra.
Shigella sp., N.gonorrhoeae, N. meningitidis, Haemophilus influenzae
son sensibles al ambiente = no refrigerar.
Si después del cultivo y tratamiento los síomas persisten por más de 72 hrs hay que realizar otro cultivo para detectar microorganismos resistentes o no identificados.
Se deben incluir:

Fecha y hora de la toma de la muestra
Diagnóstico clínico,
Algunos datos relevantes de la historia,
Requerimiento de cultivos o procedimientos especiales,
Antibióticos administrados al paciente.
Consideraciones generales.
Otros datos de ayuda
Leucocituria (>10 leucocitos por campo
Fiebre
Se establece el diagnóstico con una cuenta de 10^5 o más unidades formadoras de colonias.
Flora comensal o contaminante:
Estafilococos coagulasa negativa, Lactobacillus, E.coli, Klebsiella sp, Proteus sp, Serratia sp, Pseudomonas sp.
Muestra a cultivar
Método
Necesario realizar una tinción de Gram
Las muestras se puntúan en función de PMN y de CEs
Las muestras aceptables se inoculan en medios enriquecidos y de soporte
Los cultivos se incuban durante 48-72 h, excepto el MacConkey, que se descartará si es negativo a las 24 horas.
Uso
Introducción
Cultivo de especímenes vaginales y uretrales.
Cultivo de expectoración.
Microbiología
Hemocultivos.
Cultivos faríngeos
y nasales
Coprocultivo y urocultivo
Baciloscopía
-Vías urinarias:
Orina de chorro medio, cateterismo vesical, punción suprapúbica.

-Tracto genital:
Secreción uretral, secreción prostática, hisopado uretral, muestra por citología exfoliativa del cérvix, hisopado de lesiones mucosas.
Patógenos potenciales
T. Urinario:
E.coli, Klebsiella sp, Proteus sp, Enterobacter sp, Serratia sp, Enterococcus sp, Pseudomona aeruginosa, S. aureus, S. saprophyticus, N gonorrhoeae
T. genital
:

N. gonorrhoeae, Treponema pallidum, Mobiluncis sp, Gardnerella vaginalis. Trichomonas vaginalis, Candida albicans, Mycoplasma sp, Chlamydia trachomatis, virus herpes simple.
Métodos empleados
Medios selectivos como Thayer- Martin, agar chocolate (Neisseria gonorrhoeae), urea-arginina (Mycoplasma hominis y Ureaplasma urelyticum).

La secreción uretral se debe examinar en directo con tinción de Gram (infección gonocócia)

Medio Saboureaud -> Candida sp.

Para infecciones parasitarias: examen en fresco, serolgía, antígenos por inmunofluorescencia, microscopia en orina.
Muestra para cultivar
Sangre
para hemocultivos, 3 ó 4 tomados en 24 horas con espacio de 1 hora; Fresco.- Examen directo con Giemsa-Wrigth
(Plasmodium sp, Histoplasma capsulatum y Leishnia sp) y Examen de gota gruesa (Plasmodium sp); Detección de antígeno o anticuerpos en su (ELISA), PCR, carga viral.
Flora comensal o contaminante:
Estafilococos coagulasa negativa.
Patógenos potenciales:
Streptococcus grupo A, B, D; S.viridans, S.aureus, S. epidermidis, L. monocytogenes, C. jeikeiun, bacilos gramnegativos;
VIH, hepatitis viral A,B o C;
Otras consideraciones.
El aislamiento de un bacilo gramnegativo debe considerarse como patógeno.

Las bacteriemias pueden ser:
Transitoria-> muestra contaminada
Intermitente -> foco primario
Continua o persistente-> tiene entrada directa al torrente sanguíneo
Endocarditis
Dos cultivos de sangre positivos tomados por separadon microbios relacionados son parte del criterio diagnóstico.

Agentes etiológicos:
A. viridans, S. bovis, Enterococcus sp. , S. aureus, Haemophilus sp, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, S. epidermidis
.
Pericarditis
Aguda -> viral: Enterovirus, influenza, parotiditis, VIH, varicela-zóster y virus Epstein Barr.

Crónica: tuberculosis o histoplasmosis
Muestras para analizar:
Tracto resp. superior:
Hisopado nasofaríngeo, lavado o aspirado de senos, biopsia, hisopado de faringe posterior y amígdalas, aspirado por timpanocentesis.

Tracto resp. inferior:
Esputo, aspirado trasntraqueal, lavado bronquioalveolar, biopsia pulmonar, sangre, líquido pleural
Flora comensal o contaminante
Estreptococo alfa hemolítico:
Streptococcus mutans, S. salivarius, S. pneumoniae

Estreptococo beta hemolítico diferente del grupo A:
Staphylococcus aureus, S. epidermidis, especies de Neisseria, Haemophilus, Corynebacterium ( difteroides), E. coli, enterobacterias.
Patógenos potenciales
Estreptococo beta hemolítico grupo A,
S. pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, N. gonorrhoeae, N. meningitidis, H. influenzae, S. aureus, C. diphteriae, Bordatella pertussis, Moraxella catarrhalis, Legionella pneumophila, Mycobacterium tuberculosis. Adenovirus, Influenza, Enterovirus, Rubéola, Paramixovirus. Paragonimus, Strongyloides, H. capsulatum.
Métodos empleados.
Cultivo
P. ej: Agar chocolate, Agat Thayer-Martin, Saboureaud.
Inmunofluorescencia
ELISA
PCR
Frotis de esputo
Lavado bronquial
Frotis con Giemsa-Gram
Preparación con KOH
PLASMODIUM
Histoplasma capsulatum
Estos cultivos se utilizan para identificar bacterias patógenas u otro tipo de microbios responsables de las infecciones de VRI; traqueobronquitis, la bronquiolitis y la neumonía.
Virus
Gripa A y B
Parainfluenza.
Virus sincicial respiratorio
Rinovirus
Adenovirus
Coronavirus.

Bacterias

Moraxella catarrhalis.
Haemophilus influenzae.
Streptococcus pneumoniae
Hongos
Blastomyces.
Candida.
Coccidioides.
Cryptococcus.
Histoplasma.
No selectivos
Agar chocolate
SBA (Sheep blood agar)
Selectivos
Agar MacConkey
25 o más células polimorfonucleadas, y menos de 10 células epiteliales/campo (100 X)
.
Muestras con una relación de PMNs y CEs = 2:1.
En pacientes leucopénicos, muestras sin leucocitos y sin CEs pero con células ciliadas respiratorias derivadas de tracto respiratorio inferior.
Instrucciones especiales para la obtención y el transporte
Las muestras deben recogerse en contenedores de transporte estériles con tapas ajustadas.
Las primeras muestras de la mañana suelen ser las más sensibles por la acumulación de secreciones durante el sueño.
Enjuague de la boca con agua destilada o solución salina.
El paciente debe entender que se necesita esputo obtenido de una expectoración profunda y que no debe expectorarse saliva en el vaso de recogida.
La producción de esputo puede mejorar con técnicas de percusión de la pared torácica.
La muestra debe remitirse al laboratorio lo antes posible y a temperatura ambiente. En caso contrario, se guardará en la nevera (2-8ºC) hasta su envío, puesto que un retraso de 2 a 5 h en el procesamiento disminuye el aislamiento de varios gérmenes.
Inhalación única o seriada de suero salino hipertónico que estimula la tos.
Posteriormente, el paciente intentará expectorar tras cada nebulización vertiendo la muestra en un bote estéril para su análisis y/o cultivo.
En algunos casos es recomendable nebulizar previamente broncodilatadores para evitar complicaciones.
Dependiendo de la necesidad clínica, se recomienda repetir la técnica durante 3 días consecutivos.
Expectoración inducida
Interpretación
Resultados esperados:
Crecimiento ligero o raro de flora endógena normal de la vía respiratoria (o sin crecimiento).

Positivo:
Los cultivos positivos deben interpretarse de acuerdo con el contexto de los resultados de la tinción de Gram y otros hallazgos de laboratorio, estudios de imagen y presentaciones clínicas.

Negativo:
un cultivo negativo no excluye la infección de las VRl. Una mala calidad de la muestra y las malas condiciones de transporte pueden impedir el aislamiento de microorganismos patógenos exigentes. Los microorganismos patógenos pueden inhibirse por la flora contaminante o «perderse» entre ella.
Uso
Detectar infecciones digestivas causadas por bacterias patógenas entéricas.
También es útil para comprobar la existencia de una «disbacteriosis»o desequilibrio en la flora habitual del intestino, y puede practicarse con fines epidemiológicos para detectar portadores de gérmenes.
La flora normal constituye un tercio del peso de las heces secas.
En el adulto la flora dominante es gramnegativa.
En el lactante es preferentemente grampositiva.
Salmonella
Shigella
Campylobacter
£. coli productor de la toxina Shiga
Método
No selectivo: Agar SBA
Selectivo: Agar McConkey
Moderadamente selectivo: Agar entérico de Hektoen
Enriquecimiento con caldo selectivo: Caldo Selenite
Los medios selectivos con agar y la incubación a una mayor temperatura (42 °C) y en condiciones microaerofilicas se usan para aislar especies entéricas de
Campvlobacter.
Instrucciones especiales para la obtención y el transporte
Muestras aceptables: heces, torunda rectal.
No se necesitan contenedores estériles.
Las muestras se transportan rápidamente al laboratorio. Si el transporte se va a retrasar > 2 h, se recomienda usar un medio de transporte como Cary-Blair.

Se recomiendan tres muestras, recogidas en días consecutivos, para una detección sensible de microorganismos patógenos entéricos, especialmente en pacientes con riesgo de complicación o un mayor riesgo de transmisión de microorganismos patógenos entéricos, como los manipuladores
de alimentos.

Las muestras recogidas en papel higiénico o en pañales no son aceptables. Tampoco lo son las muestras contaminadas con orina.
Interpretación

Positivo: Cualquier crecimiento de Salmonella, Shigella, Campylobacter u otras especies patógenas entéricas.
Limitaciones
£. coli enterohemorrágica, Yersinia enterocolitica, especies de Vibrio, especies de Aeromonas, C. dijficile.
Las pruebas de detección de C. dijficile deben considerarse una alternativa a las pruebas de detección de patógenos entéricos habituales en pacientes ingresados con > 6 meses de edad.
El cultivo de heces puede ser negativo en infecciones entéricas invasoras, como la fiebre tifoidea.
Las torundas rectales sólo pueden recoger una cantidad pequeña de heces; su uso debe limitarse a los lactantes.
Las especies de Shigella son exigentes y pueden no sobrevivir a los cambios de pH de las heces producidos después de la defecación.
Es importante el transporte rápido o el uso de un medio de transporte para un aislamiento fiable mediante el cultivo.
Dificultades
Uso
El cultivo de orina se utiliza para detectar IVU causadas por bacterias y levaduras uropatógenas
frecuentes.

Se identifican posibles cepas patógenas y se realiza el antibiograma, cuando proceda.
La orina se cultiva de forma cuantitativa; Muestras de orina con menos de lO’ microorganismos por mililitro de orina no muestran habitualmente ningún crecimiento en el medio.
En la mayoría de los pacientes se inocula un microlitro de orina en SBA y en un agar diferencial selectivo para el aislamiento de bacilos gramnegativos.
En los pacientes con riesgo de IVU clínica significativa y bajas concentraciones de microorganismos uropatógenos, pueden inocularse 10 microlitros de orina, lo que da lugar a un nivel de detección inferior de microorganismos por mililitro.
Método
Los cultivos de orina de pacientes con riesgo bajo de IVU complicada
deben incubarse durante un mínimo de 16h.

Los cultivos de pacientes con riesgo de IVU complicada deben incubarse un mínimo de 48 h antes de considerarlos negativos.
Tiempo de respuesta
Instrucciones especiales para la obtención y el transporte
Muestras de orina limpias recogidas en la mitad de la micción, cateterismo rápido («entrada y salida»), sondas recién colocadas y aspirados suprapúbicos
La orina para el cultivo nunca debe tomarse de una bolsa de orina unida a una sonda urinaria.
La muestra se transportará al laboratorio antes de transcurridas 2h desde la recogida. Si el transporte se retrasa, la muestra puede refrigerarse hasta 24h.
La orina puede inocularse en un sistema de recogida con conservante, lo que permite su transporte hasta 48 h después.
Interpretación.
Con más de 100.000 UFC/ml existe una probabilidad de bacteriuria significativa del 80%.

De 10.000 a 100.000 UFC/ml la probabilidad de bacteriuria es dudosa o excepcional.


Con menos de 10.000 UFC/ml se trata de una contaminación
Limitaciones
El tratamiento antibiótico previo puede inhibir el crecimiento de microorganismos uropatógenos,lo que da lugar a falsos cultivos negativos.
La contaminación, debida a muestras de orina mal recogidas o mal transportadas, limita el valor de una proporción significativa de las muestras enviadas al laboratorio.
La IVU polimicrobiana con relevancia clínica es infrecuente (< 5%). Los cultivos mixtos se interpretarán con precaución: probablemente indiquen muestras contaminadas.
La orina se transporta con frecuencia en vasos de recogida con tapas mal ajustadas, lo que puede dar lugar a fugas v a una posible contaminación.
La uretritis y la vaginitis pueden acompañarse de piuria y simular una cistitis clínica.
Dificultades
La muestra se obtiene mediante venopunción
Resultados normales: No se debe observar el crecimiento de microorganismos

Resultados anormales: puede indicar sepsis, o que la muestra se contaminó.
La baciloscopia es la técnica de elección para el diagnóstico rápido y el control del tratamiento de la tuberculosis pulmonar del adulto.

Es simple, económica y eficiente para detectar los casos infecciosos. Por eso es la herramienta fundamental de un programa de control de la tuberculosis.
Método
Deben realizarse extensiones de BAAR en todas las muestras enviadas para el cultivo de micobacterias.
Las muestras líquidas de gran volumen deben concentrarse, normalmente mediante centrifugación.
Las muestras con probabilidad de estar contaminadas con flora endógena deben descontaminarse y concentrarse antes de la inoculación del medio.
La mavoría de los cultivos se incuban a 37 °C; los cultivos de lesiones cutáneas o superficiales deben incubarse a 30-32 °C.
Los cultivos se incuban en CO, al 3-10%.
Los medios caldo permiten una detección más rápida y proporciona microorganismos para la identificación mediante pruebas genéticas moleculares.
Los medios sólidos transparentes en agar, como el medio de Middlebrook, consiguen un aislamiento sensible de M. tuberculosis, la detección temprana de «microcolonias» y la identificación preliminar y provisional por la morfología de la microcolonia.
Una vez que se ha detectado y confirmado el crecimiento de micobacterias, se realizan, cuando proceda, pruebas para la identificación y el antibiograma.
La velocidad de crecimiento y la formación de pigmento, incluida la fotorreactividad, se usan inicialmente para caracterizar a las micobacterias no tuberculosas


Las nuevas técnicas para la identificación definitiva de cepas han reemplazado a las pruebas bioquímicas y fenotípicas.

La prueba de N.AP (p-nitro-acetilamino hidroxipropiofenona) puede usarse para la identificación rápida de M. tuberculosis.

La técnica de la secuenciación de ácidos nucleicos ha surgido como una importante herramienta para identificar micobacterias en laboratorios de referencia.






Mediante el uso de sistemas óptimos de crecimiento, identificación y antibiograma, la identificación completa y el antibiograma deben completarse en la mayoría de las cepas aisladas de M. tuberculosis en 4 semanas tras el envío de la muestra al laboratorio.
Instrucciones especiales para la obtención y el transporte
Recogerse usando procedimientos que minimicen la contaminación de las muestras con la flora endógena del paciente.

Se debe asegurar la recogida de un volumen suficiente de material infectado para realizar todas las pruebas.

Para el diagnóstico de la TB debe enviarse un mínimo de tres muestras de esputo para el cultivo.

Enviarse un mínimo de 5-10 ml de esputo por muestra.

No deben enviarse muestras del esputo acumulado en 24 h.

Pueden recogerse aspirados gástricos de las primeras horas de la mañana en pacientes incapaces de producir esputo, como los niños pequeños y los ancianos debilitados.

Deben enviarse hasta cinco muestras de la primera orina de la mañana en los pacientes con sospecha de TB renal.

Las técnicas bifásicas, automatizadas y de lisis-centrifugación para el cultivo de micobacterias son óptimas para las muestras de sangre v médula ósea enviadas para la detección de enfermedades sistémicas por micobacterias.

Las muestras se transportarán al laboratorio lo antes posible, en contenedores estériles con tapas ajustadas.








Tiempo de respuesta
Los cultivos pueden precisar hasta 8 semanas de incubación aunque, en la mayoría de los cultivos positivos, las técnicas de cultivo óptimas pueden conseguir el crecimiento de M. tuberculosis en 4 semanas.

Pueden necesitarse varias semanas más para el aislamiento, la identificación, el antibiograma y la caracterización adicional, según sea necesario.
La indicación principal es la sospecha de una bacteremia
HGT Grupo: 3144
Rosas Aguillón Karla Freda
Sánchez Páez Abril Bárbara
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