Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

PROTEOMiKS

No description
by

Duygu Kırkık

on 6 December 2013

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of PROTEOMiKS

PROTEOMiKS
Proteomiks ve Tıp Alanındaki Uygulamaları
GEN PROTEIN HASTALIK
Kütle Spektrometresi
protein karakterizasyonu
Proteomiks Nedir?
Aynı zamanda bir JAVA programının adıdır.
Figure1
:Structural Biology
REFERENCE:Moleküler Genetigin Esasları/Nobel Kitavebi P: 245
AMAÇLAR
PROTEIN
FONKSiYONU
PROTEiN
MiKTARI
PROTEIN
MODIFIKASYONU
(PTM)
PROTEIN
LOKALIZASYONU
PROTEIN-PROTEIN
iLiSKiLERi
Figure1
:Proteomik web sayfası
Reference:Moleküler Genetigin Esasları/Nobel Kitabevi P:246
DNA mRNA Protein

Genom Transkriptom
PROTEOM

Hücrenin yasamını sürdürebilmesi için sahip oldugu DNA bilgisini protein ürününe dönüstürmesi gerekir.


Proteom:

Organizmanın tüm proteinİİini içerir. Çevresel kosullardan etkilenir ve degiskenlik gösterir.

Metabolom:
Bir hücre,doku ve organdaki metabolitlerin tamamıdır.
Proteom:
Hücrede, sentezi yapılmıs ve yapılacak olan tüm proteinler,

ve

Belirli hücrelerde, belirli bir zamanda sentezlenmis tüm proteinler.
Transkriptom:

mRNAların tamamı
TESHiS
ÖN-TANI
TEDAVI
PROTEOM BiLiMiNDE
1-
ÖZOFAGUS KANSERLERi içiN ĞPROTEiN MARKERLAR
2-
AKCiGER KANSERLERi iÇiN PROTEiN MARKERLAR
3-
BSE VE CJD'yi (DELi DANA HASTALIGI TURLERI) KAPSAYAN PRION HASTALIK TURLERININ TESHIS MARKERLARI
4-
BEYIN HASARINDAKi SERUM PROTEiNLER
5-
PERiFERAL SiNiR HASARININ TESPiTiNi SAGLAYACAK MARKERLAR
6-
(HDAC)KANSER VE DIGER HASTALIKLAR
7-
APOPTOZ INDUKLEYICI KANSER
8-
TRIPTAZ INHIBITORU ASTIM VE ALLERJIK RIINIT
9-
KATHEPSIN K INHIBITORU OSTEOPOROZ
10-
GOGUS VE KOLON KANSERI
11-
KADHEPSIN S INHIBITORU INFLAMASYON VE OTOIMMUN HASTALIKLAR
PROTEIN KIMYASI VE PROTEOMIK ARASINDAKI FARKLAR
Yalnızca proteinler
Tüm sekans analizi
Yapı ve fonksiyon üzerinde önem
Yapılsal biyoloji
Komplex karısımlar
Kısmı sekans analizi
Databaz eslestirmeleri üzerinde önem
Sistemlerin biyolojisi
PROTEIN KIMYASI
PROTEOMiKS
Figure4:
Genom yapısının anlasılması için genetik bilgi alısına göre gelistirilen teknolojiler
Reference:Protein Arrays,Biochips,and Proteomics Joanna S Albala P:236
Reference:Moleküler Genetigin Esasları/Nobel Kitabevi P:246
Referans:Han et al.Bacteripş 2001.183.201
Reference:R.Jefferies(2001) Institue of Biological Sciences,University of Wales at Aberystwyth,U.K
PROTEOMiKS DE KULLANILAN YÖNTEMLER
2boyutlu (2D) jel elektroforezi
Kütle Spektrometresi (MS)

Elektrospray İiyonizasyon kütle sprektrometresi
Proteomikte elektrospray iyonizasyondan yararlanan kütle çözümleyiciler;
Üçlü ve Dörtuçlu Kütle Spektrometresi
Iyon Tuzagı Kütle Spektrometresi
Iyon Hızlandırıcı Kütle Spektrometresi
Hibrit Kütle Spektrometreleri
Resim7
: Proteomiks için genel bakıs
Reference:Protein Arrays,Biochips,and Proteomics Joanna S Albala P:236
Figure8:
Protein kimliklendirmesinde kullanılan farklı iki yaklasım
a)
aa dizisi bilinmeyen bir proteinde
b)
aa dizisi bilinen bir proteinde uygulanan asamalar
2D jel elektroforezi
ile protein karısımının ayrılması saglanır.

Figure9
:Protein kimliklendirmesinde kullanılan 2boyutlu jel elektroforez yöntemi ve comassive blue boyası ile elde edilen jel görüntüsü
Aynı örnegin 3 farklı jel görünümü
2D ANALIZINDE PROBLEM
Figure10
:Aynı örnege ait elde edilen 2-boyutlu jel elektroforez görüntüleri arasındaki farklar
BOYA ADI PROTEIN MIKTARI
Comassie boyama >100ng
Fluoresans boyama =10ng
Gümüs boyama <10ng
Figure11:
Protein kimliklendirmesinin genel asamaları
Fıgure12:
Tanımlanması ve kodlanması yapılmıs farklı proteinlerin yer aldıgı 2boyutlu jel görüntüsü
Proteomik analizlerin büyük bir çogunlugunda;
1.asama:
protein karısımının 2D jel elektroforeziyle ayrımı
2.asama:
boyama görüntüleme ile ayrımı ve boyama görüntüleme islemi ile MiKTAR TAYiN EDiLMESi AMACLANIR.
protein kimliklendirilmesi
1-
iyonizasyon kaynagı
2-
1 ya da 2 analizör
3-
detektör
Reference:Protein Arrays,Biochips and Proteomics Joanna S Albala P:238
Figure13: a)
proteinler parçalarına ayrılma analizini SDS-Page ile yapar,proteazlarla sindirilir ve kesilir.
b)
Proteinler MudPIT tarafından analiz edilir. (ESI-MS/MS)
Reference:Protein Arrays,Biochips and Proteomics Joanna S Albala P:239
Reference:R.Jefferies(2001) Institue of Biological Sciences,University of Wales at Aberystwyth,U.K
Figure14:
ICAT tekniginin temel prensibi
-ISOTOPE-CODED AFFINITY TAGS
(ICAT)
Figure6:
DNA mikroaaray yönteminin asamaları
Figure5:
Mikroarray Teknolojisi
DUYGU KIRKIK
Full transcript