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Untitled Prezi

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by

Judith Marcos

on 28 May 2013

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Transcript of Untitled Prezi

¿Qué es la secuenciación? Conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determinación del orden de los nucleótidos en un oligonucleótido de DNA. Tecnologías de Secuenciación de Alto Rendimiento Historia Tercera generación Tecnologías de Secuenciación de Alto Rendimiento Judith Marcos González / Ainhoa Medina Llamazares / Lorena González González Ray Wu 1971 1975 Walter Gilbert y Alan Maxam Friederick Sanger 1973 W. Maxam y A. Gilbert 1977 Técnica tediosa, costosa y peligrosa 1980 Secuenciadores Automáticos 1987 Primera secuencia de DNA Operador lac Método enzimático Método químico Crecimiento exponencial del número de bases/unidad de precio. Detecta todos los tipos de variación genómica. Roche/454 FLX Pirosecuenciación GRACIAS Secuenciación SMRT -“Single molecule real time sequencing”
-Desarrollado por la empresas Pacific Bioscences
-Permite leer secuencias de hasta 10.000nts de longitud.
-Utiliza los mismos principios de la secuenciación Sanger sobre una hebra molde DNA. tSMS de Helicos -Es uno de los métodos comercializado más modernos.

-No lleva a cabo ningún tipo de amplificación.

-Secuencia a partir de una única molécula monocatenaria de DNA.

-Secuencia simultáneamente millones de fragmentos diferentes de DNA.

-Podemos seguir el proceso gracias a las imágenes captadas por la cámara. ZS Genetics - Aún no se comercializa.

- Utiliza la microscopía electrónica, anticipa la posibilidad de leer la secuencia del DNA directamente sobre una imagen electrónica. Ventajas: -Lee más de 20.000 pb

-Toda la secuencia del genoma humano en pocos días.

-Bajo coste.

-No desfase, evita errores de amplificación. Aplicaciones: - Esta tecnología está siendo desarrollada para
aumentar el rendimiento y disminuir costes de secuenciación.

- Permitirá en gran medida el montaje de
nuevos genomas microbianos. Secuenciador Nanopore
(Oxford Nanopore Tecnologie) David Deamer y Daniel Branton:

NANOPORO:
Proteína MspA (Mycobacterium smegmatis porin A) modificada.

REGULACIÓN DE LA VELOCIDAD:
DNA polimerasa del fago phi29.

SISTEMA DE SECUENCIACIÓN:
Corrientes de iones a través de los poros.

SUPERFICIE:
¿grafeno? Illumina Secuenciador SOLiD 1) Un nucleótido fluorescente se incorpora al DNA.
2) Aumenta la fluorescencia en el canal correspondiente.
3) Se libera el pirofosfato marcado que difunde fuera del área de la cámara.
4) La polimerasa trasloca a la siguiente posición.
5) El siguiente nucleótido se une al sitio activo comenzando el siguiente. Proceso: - La muestra de DNA es troceada en fragmentos de 100-200 pb. - Se añade una cola de poli-A en el extremo 3´de cada fragmento, marcando el último.
- Se hibridan los fragmentos sobre una micro-placa q contiene millones de poli-T.
- La micro-placa se introduce en una cámara CCD capaz de captar fluorescencia emitida por cada uno de los fragmentos unidos a los poli-T. - Una vez que se ha sacado una foto de la superficie, se trata la micro-placa con una solución que produce la escisión del fluoróforo unido a la última adenina.
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