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Phylogenetic Tree & BLAST
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Transcript
Phylogenetic Tree & BLAST
장성복
장우영
두경휘
김은실
BLAST
BLAST란 서열을 비교하는 프로그램.
(인수분해? 알고리즘?,,)
BLAST의 종류
[DNA서열 vs 단백질 서열]
Open소스
[Database 차이 방식은 갖다]
사용하기전에
사람들의 착각. BLAST는 방법의 이름
고유한 프로그램 이름이 아니다.
어떤 database에서 검색하느냐의 차이
믿지만 믿지 말자. (조건에 따라서 다르다)
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.genome.jp/
http://www.patricbrc.org/portal/portal/patric/Home
BLAST 조건
많지만 중요한것들만...
1. 길이
2. p-value
3. 히트 스코어(길이와 p-value로 값이 나옴)
Phylogenetic Tree
CONTENT
왜??
BLAST를 통해서 나온 결과를 가지고
미지의 균이 어느 위치에 있는지 확인하기 위해
빠르고 간단하니깐.
16s rRNA의 Sequencing를 통해 균을 동정한다.
16s rRNA의 서열을 Blast를 통해서 미지의 세균이 어느종과 유사한지 알아보고 genetic tree를 그려본다.
Subject
Object
BLAST
Phylogenetic Tree
Results
어떻게?
프로그램으로 트리를 그려주는 프로그램이 있다.
우리는 사용할줄만 알면된다. 사용방법과 원리는
복잡하지만 이것도 알고리즘이기때문에 조건에
따라서 조금씩 변한다. 98.99%일치와
99%일치. 통계적으론 의미가 있지만
자연과학 사회과학자들은 그냥 숫자로
자른다.
BLAST
Phylogenetic Tree
Results.
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