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Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types
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Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types
Claudia Cerioni
Federico Rossi
Chari, T. et al. Science Advances 7, (2021).
Single-Cell RNA-Seq
Single-cell RNA-Seq
Schema di generazione di una matrice di espressione genica in Clytia hemisphaerica
Atlante cellulare
Cell Atlas
-Classificazione cellulare mediante marker
-Localizzazione cellulare mediante ibridazione in-situ
Classificazione
Classificazione
Localizzazione
Localizzazione
Pseudo-time
Cellule I come precursori di neuroni e nematociti
Pseudo-Time
Valutazione della transizione da cellula I a cellula "matura"
Nematociti
Nematociti
- Identificata l'espressione di geni finora non collegati alla maturazione dei nematociti
- Localizzazione in bulbo e tentacolo
Neuroni
Neuroni
- Identificati 10 possibili nuovi neuropeptidi, finora non identificati in C. hemisphaerica
- Differenziazione neuropeptidica in base alla funzione neuronale
Effects of Starvation
Effect of starvation
-Effetti trascrittomici riscontrati prevalentemente in oociti e cellule del gastroderma
-Effetti sulla maturazione degli oociti e, quindi, fertilità degli individui
Visualizzazione sistemica
Visualizzazione sistemica
Effetti su oociti e cellule del gastroderma
Effetti su oociti e gastroderma
Oociti
Effetti sugli oociti
Applicazioni
Applications
- Visualizzazione espressione genica: http://131.215.78.40/cb
- Guida per l'utilizzo di WHAM-seq (whole animal multiplexed scRNA-seq) in altri organismi
- Test di altre tipologie di stress oltre alla "starvation" in questo organismo e in altri, purchè con condizioni di crescita simili
- Analisi delle ripercussioni della "starvation" dopo la conclusione della situazione di stress