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Las temperaturas de los manglares son similares a las de los bosques húmedos tropicales y subtropicales, aunque amortiguadas hacia la baja por el clima oceánico (casi todos los manglares son de exposición costera), teniendo en general valores que oscilan en torno a los 23° y 40° C.
La salinidad en un Manglar / Estuario es generalmente mayor cerca del punto de descarga al mar / océano y menor aguas arriba donde fluyen los cursos de agua fresca.
El manglar se desarrolló en aguas con pH ácidos (5,7 a 6,8), niveles de oxígeno de 1 a 5,9 gm-3, contenido de cloruros hasta de 30.000 gm-3 y contenido de bario hasta de 57 gm-3
La luz es de gran importancia en los manglares ya que es un factor clave para el crecimiento y la supervivencia de las plantas y los organismos que viven allí.
La marea afecta el nivel de agua en los manglares, lo que a su vez influye en la supervivencia y el crecimiento de las plantas y la vida acuática que habita allí. Las plantas de los manglares están adaptadas para sobrevivir en ambientes de agua salada y alta humedad, y están diseñadas para soportar la inundación periódica con agua salada.