Toussaint Louverture, ante la oposición del gobierno francés para que este ocupara Sto. Dgo. , le exigió a Kervesseau autorizarle mediante decreto la ocupación de la colonia española. Este decreto fue firmado en abril de 1800 y enviado al gobernado español García. La entrega de la ciudad fue requerida por el enviado de Toussaint, el general Agé y sus hombres, pero esta no se materializó de inmediato por la oposición de los vecinos de Sto. Dgo.
En Santo Domingo, el general francés F. M. Kerverseau como gobernador. Así, el 25 de febrero de 1802 Kerverseau ocupó oficialmente la plaza Santo Domingo y toda la colonia relevando al hermano de Toussaint, Paul Louverture. Su primera medida, en julio de 1802, fue restablecer la esclavitud abolida por Toussaint, autorizó la trata de esclavos huidos de Saint Domingue y dio libertad a los españoles para conspirar contra los ingleses.
Cuando se produjo la derrota francesa a finales de 1803, Kerverseau recibió órdenes de retirarse, pero el jefe de las tropas del Cibao, Louis Ferrand, se negó a capitular, ocupó Santo Domingo y depuso a Kerverseau enviándolo a Francia.
Las primeras medidas de Toussaint en Santo Domingo fueron proclamar la libertad de los negros esclavos, aunque impuso un régimen de trabajo obligatorio, y estimular el retorno de los que habían emigrado. También imoulsó la agricultura al incentivar la producción para la exportación de products como el café y el cacao, otorgó a los mulatos libertad para acceder a los cargos públicos y al ejército y promovió el comercio nacional e internacional.
También promulgó la Constitución de 1801, que abolió la esclavitud y estableció la igualdad ante la ley, promulgó la Ley de Partición Territorial que dividió la isla en seis departamentos y, en enero de 1802, se emitieron monedas. Finalmente, Toussaint fue apresado por Leclerc y enviado a Francia en el mismo 1802, donde murió.
En 1795, mediante el Tratado de Basilea, Santo Domingo se convirtió en una posesión francesa. Sin embargo, el paso a Francia de la colonia de Santo Domingo no se produjo de inmediato debido a la situación de crisis y guerra en la que se encontraba Francia.
Se envió como representante a Roume de Saint Laurent, quien conservó la estructura colonial española y la continuidad del gobierno de Joaquín García. El 4 de enero de 1801, para garantizar la estabilidad de su régimen en Haití y dar cumplimiento al Tratado de Basilea, Toussaint Louverture ocupó Santo Domingo en nombre de Francia y proclamó la indivisibilidad de la isla.