Introducing 

Prezi AI.

Your new presentation assistant.

Refine, enhance, and tailor your content, source relevant images, and edit visuals quicker than ever before.

Loading…
Transcript

La microbiologie

1) Les biotechnologies : définition et perspective historique

1) les biotechnologies : définition et perspective historique

Biotechnologie :

Quel est la définition de biotechnologie ?

Les biotechnologies regroupent l’ensemble des méthodes et des techniques qui utilisent comme outils des organismes vivants ou des parties de ceux-ci (des gènes, des enzymes …) pour développer des savoirs, des biens ou des services utiles aux Hommes.

  • Utilisation des biotechnologies dans la production alimentaire depuis des millénaires
  • Utilisation des micro-organismes comme la levure pour la fermentation du pain, de la bière, du vin, etc.
  • Techniques peu précises souvent issues de l'essai-erreur.

Les biotechnologies traditionnelles

Les biotechnologies contemporaines (début 19e siècle)

Les biotechnologies contemporaines

LOUIS PASTEUR (1822-1895) créa une nouvelle discipline (la microbiologie) et ses travaux sur la FERMENTATION dans les années 1850 permirent de démontrer l’existence des MICRO-ORGANISMES.

Louis Pasteur

  • GREGOR MENDEL (1822 -1884) a été le premier chercheur à décrire les lois de la TRANSMISSION des caractères héréditaires.
  • Expériences connues sur les PETITS POIS (lisses et ridés).

Gregor Mendel

  • Identification des éléments qui composent une molécule d'ADN.
  • Précision de ce qu'est un NUCLÉOTIDE.
  • Première suggestion que la molécule d'ADN se composait d'une chaine de nucléotides reliés entre eux

Phoebus Levene

- Découverte de la structure de L'ADN.

- Modèle de double hélice avec petits échelons reliant les deux brins.

- Importance capitale pour la manipulation directe des caractéristiques génétiques.

James Watson et Francis Crick

La microbiologie est un domaine des sciences appliquées qui a pour objet les MICRO-ORGANISMES. C’est une des sciences majeures dans les universités canadiennes.

2) Qu’est-ce que la microbiologie

Acide désoxyribonucléique

ADN

Ce qu’on étudie en microbiologie

Ce qu’on étudie en microbiologie

  • Identification et caractérisation des micro-organismes;
  • Étude de leur origine et de leur évolution
  • Identifier leurs besoins, leur caractéristiques et les produits de leurs activités;
  • Comprendre les RELATIONS qu’ils entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou artificiel.

Les micro-organismes sont répartis en neuf groupes :

  • Les prions
  • Les archées
  • Les protozoaires
  • Les viroïdes
  • Les bactéries
  • Les algues - Les virus
  • Les mycètes
  • Les parasites uricellulaires

Les neufs groupes

Le travail d'un microbiologiste

Le travail d'un microbiologiste

La pratique de la microbiologie consiste à fournir des SERVICES PROFESSIONNELS et des CONSEILS SCIENTIFIQUES, notamment dans l'analyse, la gestion, le contrôle, l'évaluation et la supervision des activités portant sur les micro-organismes.

La microbiologie se divise en plusieurs spécialités, dont voici les six plus importantes

Six spécialités

La microbiologie moléculaire

La microbiologie biopharmaceutique

La microbiologie industrielle

La microbiologie clinique

La microbiologie agroalimentaire

La microbiologie environnementale

3) Les micro-organismes

Qu’est-ce qu’un micro-organisme?

Un micro-organisme est un organisme vivant, invisible à l'oeil nu, qui ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope.

Les PRIONS, les VIROÏDES et les VIRUS ne sont pas considérés comme vivants, puisqu'ils ne peuvent pas SE REPRODUIRE d'eux-mêmes, sans infecter une cellules. Ils sont trop petits pour être observés au MICROSCOPE OPTIQUE.

Les prions

Les prions

  • Agent infectieux qui consiste en une simple PROTÉINE.
  • NEUF maladies, parmi lesquelles on compte la «MALADIE DE LA VACHE FOLLE» qui a infecté le cheptel du Royaume-Uni en 1987, sont dues à des prions.
  • Dans tous les cas de maladie, ce sont des atteintes NEUROLOGIQUES nommées encéphalopathies spongiformes.

https://www.dailymotion.com/video/xmggt6

Les viroïdes

Les viroïdes

  • Agents infectieux uniquement pour les végétaux.
  • Fragments d’ARN qui contiennent de 300 à 400 nucléotides, dépourvus de capside (membrane protectrice).

ARN

  • L’ARN (acide ribonucléique) est une molécule présente chez tous les vivants qui ressemble à l’ADN. Les cellules utilisent en particulier l'ARN comme un support INTERMÉDIAIRE des gènes pour synthétiser les PROTÉINES dont elles ont besoin. L’ARN peut remplir de nombreuses autres fonctions et en particulier intervenir dans des réactions chimiques du métabolisme cellulaire.

Les virus

Un virus est un agent infectieux nécessitant un HÔTE, souvent une cellule, dont il utilise le MÉTABOLISME et ses constituants pour se REPRODUIRE, pour produire leur énergie et pour synthétiser leurs protéines. Les virus peuvent parasiter tous les types d’organismes.

Aucun médicament ne peut contrer un virus, puisque ce traitement affecterait également la cellule hôte, causant des dommages.

Les virus

Traitement du cancer

La thérapie par les virus

La plupart des virus n’infectent que des TYPES SPÉCIFIQUES de cellules provenant d’une ESPÈCES DONNÉE. Les virus qui s’attaquent aux bactéries portent le nom de bactériophages, ou simplement PHAGES.

L’utilisation des virus pour s’attaquer à des cellules spécifiques est une avenue de recherche en plein essor.

Il existe des virus dit ONCOLYTIQUES qui pourraient détruire les cellules cancéreuses. On tente actuellement de comprendre tous les MÉCANISMES impliqués afin d’administrer des thérapies virales en toute sécurité.

Bactériophages

Bactériophages

L’utilisation des bactériophages pour traiter des infections bactériennes est également un sujet de recherche important aujourd’hui. Les grands défis de cette technique sont l’identification très précise des souches bactériennes et l’accès à une banque de bactériophages.

Les virus ne sont pas tous dommageables pour l’être humain, au contraire! On se sert de certains virus pour faire de la THÉRAPIE GÉNIQUE.

La problématique du virus de la grippe

Au cours des 100 dernières années, l’émergence de nouveaux sous-types du virus de la grippe A a été à l’origine de quatre pandémies qui se sont propagées sur tous les continents dans l’année qui a suivi leur détection. Beaucoup de scientifiques estiment que nous subirons un jour une autre pandémie de grippe, ce n’est qu’une question de temps.

Problématique du virus de la grippe

https://ici.radio-canada.ca/tele/decouverte/site/segments/reportage/62437/grippe-espagnole

Questions

Est-ce qu’un antibiotique est efficace pour un virus?

Explique.

NON

Les antibiotiques s’attaquent aux micro-organismes vivants. Un virus utilise une cellule vivante pour se répliquer, ce n’est donc pas un vivant. L’antibiotique est totalement inefficace contre un virus.

Réponse

Alors, comment se protéger contre les virus ?

Alors, comment se protéger contre les virus?

Le seul moyen actuellement utilisé à grande échelle et efficace contre les virus, c’est la vaccination.

https://www.francetvinfo.fr/monde/europe/allemagne/allemagne-l-ile-au-virus-l-endroit-le-plus-dangereux-d-europe_3815473.html

Des programmes de vaccination ont permis l’éradication mondiale de la VARIOLE et la disparition quasi complète de la POLIO.

Les vaccins antiviraux

Les algues

Les algues

  • Végétal chlorophyllien aquatique qui ne possède pas de feuilles, pas de racines, pas de fleurs et pas de graines.
  • Peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires.
  • Quelques algues sont connues pour causer des intoxications alimentaires et/ou une irritation des muqueuses et de la peau (exemple : algues bleues ou cyanobactéries).

Les algues qui composent le phytoplancton sont essentielles à toute forme de vie. Elles sont à la base de plusieurs chaines alimentaires et on estime qu’elles produisent près de 80% de tout l’oxygène à la surface de la planète, par photosynthèse.

Netrium digitus

Netrium digitus est une algue microscopique présente dans les tourbières acides à sphaigne. (Famille des Mésotaeniacées)

Elle est composée de deux demi-cellules soudées. Le noyau (visible sur la première photo) se trouve au centre.

Avec ses 592 chromosomes, cette espèce détient le record du nombre de chromosomes dans le monde végétal.

Les protozoaires

Ce sont des organismes unicellulaires EUCARYOTES (avec un noyau) qui ne font pas de photosynthèse. Ils se reproduisent de façon asexuée.

Ils se nourrissent de bactéries et de petites particules de matière. Ils ingèrent leur nourriture de différente façon, selon les espèces :

Les protozoaires

Par transport au travers de la membrane cellulaires

Par transport

Phagocytose

Par phagocytose

Par une structure spéciale sur la membrane, qui joue le rôle d’une bouche, le cytostome.

Cytostome

Dans tous les cas, la digestion s’effectue dans les vacuoles. Les déchets sont éliminés directement par la membrane ou par une structure spéciale sur la membrane, nommée le cytoprocte.

Certains protozoaires font partie du microbiote normal des animaux. Il existe près de 20 000 espèces de protozoaires. Seul un petit nombre sont des parasites pour l’homme (trypanosomes, toxoplasmes, etc.)

Microbiote

Les mycètes (règne des champignons)

Les mycètes

Spores pour la reproduction

Les moisissures

Une moisissure est faite de longs filaments ramifiés de cellules, les hyphes, qui forment une masse tissulaire appelée MYCÉLIUM. Le mycélium produit les structures nécessaires à la REPRODUCTION .

Aspergillus ustus

moisissures

Les moisissures

Les levures

Une levure est un organisme unicellulaire EUCARYOTE se reproduisant soit selon le mode ASEXUÉ par bourgeonnement et division cellulaire, soit selon le mode SEXUÉ par formation de SPORES.

Saccharomyces cerevisiae

Levure

Utilité des moisissures dans la vie courante

Utilité des moisissures

Les moisissures du genre Pénicillium sont indispensables pour L'AFFINAGE de nombreux fromages, comme pour le camembert, le brie, les Roqueforts et les bleus.

Elles sont également utiles pour fabriquer la pénicilline, ANTIBIOTIQUE fréquemment prescrite pour soigner certaines infections de la gorge, des voies respiratoires et de la peau.

PÉNICILLIUM ROQUEFORTI

La sauce de soja est une sauce d'origine chinoise, dotée d'arômes de viande et produite par fermentation de protéines végétales. Elle est traditionnellement fabriquée à partir de graines de soja en Chine et en Corée et à partir d'un mélange de soja et blé au Japon. Elle résulte de la LIBÉRATION D'ENZYMES libérée par une moisissure (Aspergillus oryzae), hydrolysant les ingrédients suivie d'une puissante fermentation provoquée par des bactéries lactiques et des levures.

Saviez-vous que ?

EFFETS NÉFASTES DE CERTAINES MOISISSURES SUR LA SANTÉ HUMAINE

Effets néfastes

Dans des conditions propices à leur CROISSANCE, les moisissures peuvent proliférer de façon importante et se retrouver dans L'AIR AMBIANT. Les infections fongiques se nomment mycoses.

Près d’une soixantaine d’espèces de moisissures ont été́ répertoriées comme ALLERGÈNES.

  • Irritation
  • Essoufflement anormal
  • Sensation de brûlures au niveau
  • Fièvre de l’appareil respiratoire,
  • Éruptions cutanéeS
  • Saignements
  • Irritation de la peau
  • Écoulement nasal
  • Maux de tête
  • Toux
  • Étourdissements
  • Troubles de concentration
  • Douleurs musculaires

Les vers parasites

Les vers parasites

On les appelle également des MÉTAZOAIRES (par opposition aux protozoaires) puisqu’ils sont PLURICELLULAIRES.

  • Peuvent parasiter plusieurs milieux biologiques (tubes digestif, foie, peau, etc.)
  • La plupart de ces animaux appartiennent à deux EMBRANCHEMENTS : les Plathelminthes (vers plats) et les Nématodes (vers ronds).
  • Les systèmes digestif, nerveux, locomoteur, circulatoire sont souvent plus RUDIMENTAIRES et ils dependent de leurs HOTES pour plusieurs fonctions.
  • Leur système reproducteur est en général efficace et produit un très grand nombre D'OEUF FÉCONDÉS pour infecter l'hôte.

Le cas le plus connu de ver parasite est clairement le ver solitaire, qui est un ver plat qui se loge dans l’intestin humain. Son nom scientifique est le cestode.

  • La tête, ou scolex, possède des ventouses qui permettent au ver d’adhérer à la muqueuse intestinale.
  • Les cestodes n’ont pas de tube digestif, ils absorbent simplement les nutriments dont ils ont besoin dans l’intestin.
  • Leur corps est composé de segments appelés proglottis. Ils sont continuellement produits dans la région du cou.
  • Les proglottis les plus éloignés du scolex contiennent les œufs fécondés et se détachent du corps pour aller infecter un autre animal.

Le cycle vital des vers parasites est parfois très complexe. Voir annexe 1 et annexe 3.

https://www.passeportsante.net/fr/Maux/Problemes/Fiche.aspx?doc=ver-solitaire

?

Les bactéries

Les bactéries

La bactérie est un micro-organisme unicellulaire et sans noyau (procaryote) dont le génome est constitué d'ADN. Celui-ci consiste en un seul chromosome, libre dans le cytoplasme.

Qu’est-ce qu’une bactérie?

Qu’est-ce qu’une bactérie pathogène? Est-ce que toutes les bactéries sont pathogènes?

Une bactérie pathogène est une bactérie qui présente un risque d’infection ou de maladie pour l’être humain ou pour un autre animal. Toutes les bactéries ne sont pas pathogènes, certaines sont nécessaires à notre survie.

Qu’est-ce qu’une bactérie pathogène ?

La nomenclature et l’identification des bactéries

Pour nommer des bactéries, on se sert en général de la NOMENCLATURE BINOMIALE, c’est-à-dire qu’on nomme le GENRE et L'ESPÈCE de la bactérie.

Exemples:

Staphylococcus aureus

Escherichia coli

Streptococcus pneumoniae

Identification d’une bactérie

1. Étude des caractéristiques morphologiques d’une COLONIE (observation MACROSCOPIQUE).

2. Observation MICROSCOPIQUE pour décrire la composition de la membrane coloration de Gram) et la forme des bactéries étudiées.

3. Tests BIOCHIMIQUES pour avoir une identification plus précise. Ces tests doivent être basés sur une HYPOTHÈSE JUSTIFIÉE.

La nomenclature et l’identification des bactéries

Lorsqu’on manipule des souches bactériennes, il est important de travailler avec des instruments stérilisés et des surfaces de travail désinfectées. Nous devons également travailler dans une zone stérile créée par une flamme (EN ASEPTIE).

Les règles de sécurité et la stérilité

Stérilisation des instruments:

  • Se fait préalablement à L'AUTOCLAVE.
  • Principe : Faire bouillir de l'eau dans une enceinte hermétiquement close pour augmenter LA PRESSION et donc dépasser les 100 °C d'ébullition.
  • De façon générale, la stérilisation est réalisée à 134°C pendant 18 MINUTES.

Stérilisation des instruments

Stérilisation des surfaces de travail :

Les comptoirs de travail et/ou toutes surfaces sont nettoyées et désinfectées avec un produit contenant de L'EAU DE JAVEL (Virocidine).

Stérilisation des surfaces de travail

Zone stérile et brûleur Bunsen

Le principe est que tout l’air qui se trouve dans un globe virtuel de 15 CM de rayon de la flamme d’un brûleur Bunsen est stérile. Ceci nous permet de travailler de façon sécuritaire.

On peut également passer certains instruments sur la flamme, par exemple les pipettes pasteur, afin de les stériliser.

  • Fils à boucle : jusqu’à ROUGISSEMENT.
  • Conserver tout instrument stérilisé dans la zone près de la flamme.

Zone stérile et brûleur Bunsen

Comment allumer et ajuster un bec Bunsen

Pour allumer le bec Bunsen :

  • Ouvrir le robinet d'arriver de gaz (tourner d'un quart de tour);
  • Présenter le briquet au-dessus du brûleur;
  • Éteindre le briquet dès que la flamme apparaît. Ajuster la flame en tournant la cheminée;
  • Si le brûleur n'allume pas après deux essais avec le briquet, fermer le gaz, attendre deux minutes et recommencer les étapes.

Comment allumer et ajuster un bec Bunsen

Zone la plus chaude, utilisée pour le ROUGISSEMENT des fils à boucle et des fils droits

Virole fermée : flamme éclairante pour les chauffages modérés

Virole ouverte : flamme vive, chauffage maximum au dessus du petit cône bleu à la base de la flamme

Règles de sécurité plus spécifiques à la microbiologie

Règles de sécurité plus spécifiques à la microbiologie

  • Le lavage des mains est une ÉTAPES OBLIGATOIRE et doit se faire avec un produit de nettoyage antiseptique efficace (Hibitane).
  • Les gants ne doivent pas être utilisés, puisqu’ils peuvent fondre à la flamme.
  • Pour éviter toutes CONTAMINATIONS, il est préférable de ne pas PARLER lorsque nous travaillons en asepsie. Si l’on doit parler, fermer d’abord TOUS LES PÉTRIS et tous les RÉCIPIENTS STÉRILES.
  • Le port des LUNETTES et du SARRAU sont obligatoires. Les CHEVEUX doivent être attachés.

La culture cellulaire et les milieux de culture

La culture cellulaire et les milieux de culture

Qu’est-ce que la culture cellulaire (ou culture bactérienne, dans le présent chapitre)?

Qu’est-ce que la culture cellulaire ?

La culture cellulaire est un procédé qui permet aux cellules de se reproduire en dehors de leur milieu de vie naturel ou de l’organisme dont elles proviennent

Quels sont les applications possibles de la culture cellulaire?

  • Permettre aux chercheurs de mieux comprendre le fonctionnement des cellules
  • Permettre de tester des médicaments, des produits de beauté ou encore de vérifier la toxicité de certains produits chimiques et ainsi éviter des tests sur les animaux.
  • Permettre la production de certains vaccins dont les virus se développent à l’intérieur des cellules
  • Permettre de produire des tissus tels que de la nouvelle peau pour les grands brûlés

Pour cultiver des bactéries, il faut utiliser un MILIEU DE CULTURE, c’est-à-dire une préparation nutritive destinée à la croissance de microorganismes. Les microorganismes qui se développent et se multiplient dans ou sur un milieu de culture constituent une culture. Il existe une panoplie de milieux de culture, selon la souche bactérienne à développer et à étudier.

Pour cultiver des bactéries

Milieu de culture empirique :

C’est un milieu de culture qui favorise le développement de la MAJORITÉ des souches bactériennes. Il contient des éléments nutritifs pour les bactéries et permet la croissance d’un grand nombre de souche bactérienne.

Exemple : GÉLOSE D'AGAR NUTRITIVE

Empirique

Différentiel

Milieu de culture DIFFÉRENTIEL :

C’est un milieu de culture qui permet l’identification de souches bactériennes par la COLORATION particulière obtenue par la colonie sur le milieu. Certains déchets produits par les colonies réagissent avec un INDICATEUR présent dans le milieu de culture, ce qui donne une coloration particulière du milieu.

Exemple :

Gélose au sang pour identifier les bactéries causant les amygdalites.

Un anneau pâle se forme autour des colonies puisque cette bactérie détruit l’hémoglobine dans le sang

Milieu de culture SÉLECTIF :

C’est un milieu de culture qui favorise la croissance d’UN SEUL TYPE de bactéries. Certaines souches bactériennes sont plus sensibles que d’autres à des conditions de croissance. Un milieu sélectif permet de faire croître ces colonies et d’inhiber la croissance d’autres micro-organismes.

Exemples : Sabouraud dextrose pour isoler les mycètes, puisque le pH de 5,6 favorise la croissance des mycètes

Sélectif

La culture cellulaire et les milieux

La culture cellulaire et les milieux

Qu'est-ce que la culture cellulaire (ou culture bactérienne, dans le présent chapitre)?

La culture cellulaire est un procédé qui permet aux cellules de se reproduire en dehors de leur milieu de vie naturel ou de l’organisme dont elles proviennent

Qu'est-ce que la culture cellulaire

Quels sont les applications possibles de la culture cellulaire ?

  • Permettre aux chercheurs de mieux comprendre le fonctionnement des cellules
  • Permettre de tester des médicaments, des produits de beauté ou encore de vérifier la toxicité de certains produits chimiques et ainsi éviter des tests sur les animaux.
  • Permettre la production de certains vaccins dont les virus se développent à l’intérieur des cellules
  • Permettre de produire des tissus tels que de la nouvelle peau pour les grands brûlés

Quels sont les applications possibles de la culture cellulaire?

Pour cultiver des bactéries, il faut utiliser un MILIEU DE CULTURE, c'est-à-dire une préparation nutritive destinée à la croissance de micro-organismes qui se développent et se multiplient dans ou sur un milieu de culture constituent une CULTURE. Il existe une panoplie de milieux de culture, selon la souche bactérienne à développer et à étudier. Essentiellement, les milieux de culture peuvent être de types:

La culture cellulaire

Milieu de culture ENRICHIE

C'est un milieu de culture qui favorise le développement de la MAJORITÉ des souches bactériennes. Il contient des éléments nutritifs pour les bactéries et permet la croissance d'un GRAND NOMBRE de souche bactérienne.

Exemple: GÉLOSE D'AGAR NUTRITIVE

Milieu de culture DIFFÉRENTIEL

C'est un milieu de culture qui permet l'identification de souches bactériennes par la COLORATION particulière obtenue par la colonie sur le milieu. Certains déchets produits par les colonies réagissent avec un INDICATEUR présent dans le milieu de culture, ce qui donne une coloration particulière du milieu.

Exemple : Gélose au sang pour identifier les bactéries causant les amygdalites. Un anneau pâle se forme autour des colonies puisque cette bactérie détruit l’hémoglobine dans le sang Gélose MSA

Note :

Un milieu de culture peut être SÉLECTIF ET DIFFÉRENTIEL

Exemple : Gélose MacConkey inhibe le développement de bactéries à Gram positif et permet de distinguer les bactéries qui fermentent le lactose (colonies roses ou rouges)

Outre les milieux de culture gélifiés (dans des pétris), il existe également des BOUILLONS DE CULTURE qui permettent d'avoir une SUSPENSION bactérienne. Ces bouillons sont également des préparation nutritives pour les bactéries.

Milieu de culture SÉLECTIF

C'est un milieu de culture qui favorise la croissance d'UN SEUL TYPE de bactéries. Certaines souches bactériennes sont plus sensibles que d'autres à des conditions de croissance. Un milieu sélectif permet de faire croître ces colonies et EMPÊCHE la croissance d'autre micro-organismes.

Exemple : Sabouraud dextrose pour isoler les mycètes, puisque le pH de 5,6 favorise la croissance des mycètes

L’ensemencement des milieux de culture

L'encemencement des milieux de culture

Identification des pétris : il faut écrire sous le pétri, le plus près possible des contours. (Noms, dates, souche probable ou connue, s’il y a lieu, endroit du prélèvement, etc.)

Exemple :

RAPPEL : Toutes les manipulations doivent se faire dans la zone stérile autour de la flamme. Les fils droits et les fils à boucle doivent être chauffés jusqu’à ROUGISSEMENT (et refroidis dans la zone stérile) avant de faire les manipulations.

Différentes techniques sont possibles pour ensemencer des milieux de culture. La technique que nous allons privilégier dans le cadre du cours est la technique d'ENSEMENCEMENT PAR ÉPUISEMENT avec le fil à boucle. Cette technique favorise L'ISOLATION des souches bactériennes.

Il est important d’aller toucher les REBORDS de chaque côté des pétris avec le fil à boucle pour faire l’étalement. Sur le dernier quart, c’est l’endroit où on devrait trouver quelques colonies ISOLÉES, c’est donc l’endroit à privilégier pour aller REPIQUER une colonie et en faire une SOUCHE PURE.

La description des colonies (observation des colonies)

La description des colonies

L’étude macroscopique des colonies est une étape importante dans l’identification des souches bactériennes. Elle permet d’ÉLIMINER DES POSSIBILITÉS et de poser une hypothèse JUSTIFIÉE sur la souche bactérienne qui s’est développée sur le milieu de culture.

Voici quelques outils pour arriver à bien décrire une colonie bactérienne.

La forme

Le premier caractère important dans la description des colonies est sa forme générale. De nombreuses espèces bactériennes forment des colonies rondes. Cependant d’autres donnent des colonies aux formes plus ou moins variées. Les quatre types de colonies que vous allez rencontrer en général, sont :

La forme

CIRCULAIRE IRRÉGULIÈRE EN ÉTOILE ENVAHISSANTE

Le relief

Après la forme générale, il est important de regarder le relief de la colonie (un peu comme si on en faisait une COUPE). Il existe plusieurs types de reliefs chez les colonies bactériennes, en voici les principaux :

Le relief

Le contour

Le contour d’une colonie, c’est le bord de celle-ci. Encore une fois, il existe de nombreux termes pour le qualifier.

Le contour

La taille

Par convention, on mesure les colonies les plus GROSSES qui sont parfaitement ISOLÉES. La taille d’une colonie bactérienne, si elle est mesurable, s’exprime en MILLIMÈTRE et est souvent qualifiée par un adjectif. Les termes les plus couramment utilisés sont :

Colonies punctiformes : TAILLE INFÉRIEUR À 1 MM

Petites colonies : ENTRE 1 MM ET 3 MM

Colonies moyennes : ENTRE 3 MM ET 5 MM

Grosses colonies : TAILLE SUPÉRIEURE À 5 MM

La taille

La surface

La surface d’une colonie bactérienne peut changer d’un repiquage à l’autre. Cependant c’est un critère important, car relié à d’autres caractères dont parfois la pathogénicité. On distingue les colonies LISSES et les colonies RUGUEUSES.

La surface

La couleur

Un des derniers points importants est la couleur de la colonie. Celle-ci peut être NATURELLE (pigments) ou due à un COLORANT ou un INDICATEUR présent dans le milieu.

La couleur

Autres caractères

De nombreux autres caractères pourraient être décrits. En effet, il arrive que L'OPACTITÉ, la CONSISTANCE, L'ODEUR soient significatives de l’espèce bactérienne en présence. Par exemple une colonie sentant l’eau de Javel nous oriente vers l’espèce Pasteurella multocida ou bien encore une consistance muqueuse vers les bactéries encapsulées.

Autres caractères

Théorie : qu’est-ce que la coloration de GRAM?

La coloration de Gram est la méthode de coloration LA PLUS UTILISÉE en bactériologie médicale. Elle permet de colorer les bactéries et de les distinguer à l'examen direct par leur aptitude à fixer certains colorants, ce qui nous donne une indication de la COMPOSITION de leur MEMBRANE.

Les bactéries à Gram positif sont dotées d'une SIMPLE PAROI avec une grande quantité de PEPTIDOGLYCANES, alors que les bactéries à Gram négatif sont composées de moins de peptidoglycane mais sont pourvues d'une MEMBRANE EXTERNE SUPPLÉMENTAIRE .

Théorie : Qu'est-ce que la coloration de GRAM

La coloration de Gram est fondée sur l'action successive d'un colorant, le cristal violet, de lugol puis d'éthanol. Dans un premier temps, le colorant pénètre dans la paroi et le cytoplasme des deux types de bactéries. Dans un second temps, le lugol réagit avec le colorant et le rend insoluble. La perméabilité plus grande des bactéries à Gram négatif à l'alcool permet la DÉCOLORATION. Les bactéries à Gram positif restent colorées en violet ou mauve. Une CONTRE-COLORATION avec de la safranine (rose) permet de visualiser à nouveau, les corps cellulaires des bactéries à Gram négatif.

Cristal violet

Une fois la coloration terminée, on peut passer à l’observation au microscope. Il faut utiliser un grossissement de 1000 x (à immersion) afin de bien voir les bactéries. Avec l’observation microscopique, on peut décrire la forme des bactéries.

Observation

L’identification bactérienne à partir des galeries API

Une galerie API est un ensemble de petits tubes prêts à l’emploi permettant l'identification de micro-organismes par la réalisation rapide et facile de tests BIOCHIMIQUES miniaturisés.

Les galeries API utilisent plusieurs types de tests : étude de la fermentation de divers glucides, réaction à divers milieux de culture, recherche directe d'une enzyme, etc. Chaque tubule contient un substrat différent sur lequel le micro-organisme considéré va réagir. Ils sont remplis d'une suspension bactérienne.

Pour les substrats dont le sigle est ENCADRÉ, la cupule doit aussi être remplie de manière à créer un MÉNISQUE. Pour les substrats dont le sigle est SOULIGNÉ, la cupule doit être remplie d'huile de paraffine soit pour créer l’ANAÉROBIE (absence d'oxygène), soit pour maintenir en solution les ions volatils produits par la réaction et ainsi assurer le virage de l'indicateur coloré de pH.

Les creux du support de la galerie doivent être remplis D'EAU pour former une chambre humide, puis la galerie est posée dans le support et le couvercle par-dessus. L'ensemble est incubé à une température adaptée pendant 24 à 48h.

Après addition des réactifs nécessaires à la révélation de différents tests, la galerie est lue conformément aux indications du fabricant.

L'identification bactérienne à partir des galeries API

Learn more about creating dynamic, engaging presentations with Prezi