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ECBU
CHALLOUGUI Youssef
BACTERIOLOGIQUE
URINES
DES URINES
* Physiologiqument stérile
* Urine vesicale +++
* Analyse quantitative de la bactériurie, la leucocyturie et l'hématurie
1. Infection urinaire
Infection urinaire
* Voie ascendante +++ : enterobactéries
* Voie hématogène : S.aureus (abces renal sur EI)
* Voie iatrogène : Pseudo, Acineto, Serratia
1.1. Clinique
Cystite, IU masculines, PNA, abcès rénal...
Clinique
Syndrome irritatif de la vessie
* BM
* PK
* HU
* Dl hypogastrique : cystite
Signes urinaires
Signes infectieux
Infection parenchymateuse (orchite, prostatite, pyélonéphrite)
* Fièvre
* Sueurs/frissons
* Signes de Localisation :
–Douleurs lombaires : PNA
–Douleurs pelviennes / TR dl : prostatite
BU
* Orientation
* Bonne VPN chez la femme
* recherche leucocytes et nitrites
* Fx Neg : glucosurie, protéinurie ou germes sans nitrate reductase (CGP, pseudo, acineto)
* Confirmer par ECBU sauf cystite simple
1.2. Facteurs de risque de complications
FR de complication
1- Homme
2- Grossesse
3- Age > 75 ans
4- Age > 65 ans avec > 3 critères de fragilité (critères de Fried)
– Perte de poids involontaire au cours de la dernière année
– Vitesse de marche lente
– Faible endurance
– Faiblesse/fatigue
5- Anomalie organique ou fonctionnelle de l'arbre urinaire (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, gestes endoscopiques…)
6- Immunodépression grave
7- Insuffisance rénale chronique sévère (clairance < 30 ml/min).
1.3. Facteurs de risque de BLSE
BLSE
1- Colonisation ou IU à EBLSE les derniers 6 mois
2- ATB par AMC, C2G ou C3G, ou FQ les derniers 6 mois
3- Hospitalisation dans les 3 mois précédents
4- Voyage récent en zone d'endémie de BLSE
5- Vie en établissement de long-séjour
2. Prélévement
* Idéalement : PSP (direct / invasif)
* En pratique : milieu du jet (indirect / naturel)
Prélévement
Techniques (urine vesicale)
Techniques
* Matin
* Lavage puis rinçage des OGE
* Seul le milieu du jet sera recueilli
* Autres techniques selon l'age, la continance, les dispositifs endo-urinaires et la coopération du malade
Non coopératif/ incontinent
* Femme : sondage urinaire
* Homme : collecteur pénien / cathétérisme
sus-pubien si rétention d'urine
Non coopératif/ incontinent
Enfant sans miction
volontaire
* Sac collecteur
* Nettoyer la région périnéale
* Remplacer après 30 minutes
* Ne pas tranvaser
* Faux positifs (> 50 %)
* PSP / Cathétérisme
Sonde à demeure
* Clampée 10 minutes
* Ponctionner la sonde après désinfection
* Privilégier le prélèvement juste après un changement de sonde
Autres sites de prélévement (que vésical)
* Selon l'infection recherchée ou selon le contexte anatomique et clinique
Sites de prélévement
Infections particulières
* Prostatite/urétrite : 1er jet
* Mycobactéries : Urines totales matinales de 3 jours de suite
Infections particulières
Contextes particuliers
* Il faut distinguer :
* les urines de néo-vessies ou de dérivation Bricker
* des urines de PSP
* des urines de ponctions (PSP à part), stomies ou scopies de l'arbre urinaire
Parce que les seuils critiques de bacteriurie y different
3. Acheminement
Acheminement
Afin d'éviter toute prolifération bactérienne :
* En < 2h
* En < 24h à 4°C (risque pour les leucocytes)
* En < 48h avec acide borique
EXAMEN
EXAMEN
* L'analyse microbiologique la plus fréquente.
* Une étape pré-analytique des plus critique (flore polymorphe digestiv, cutanée et génitale)
1. Indications
Indications
Grossesse
* Dépistage : chaque mois à partir du 4éme
* Confirmation d'une colonisation urinaire gravidique si BU +
* D'emblé si haut risque d'IUG
2. Renseignement
Renseignement
* Âge, sexe, grossesse
* Signes d'IU
* ATB récents
* FR BLSE
* ATCD de l'app urinaire / dispositifs endo-U
* Etat immunitaire
* Mode de recueil
3. Examen macroscopique
* Jaune clair limpides
* Turbidité : IU, cristaux, médicaments, etc
Macroscopique
CYTOLOGIE
CYTO
* Dénombrement des H et L
* Méthode théorique de choix : compte Addis
* Cellule de Malassez +++ / Méthodes automatisées
1. Leucocyturie
> 10.000 / mL
Leucocyturie
Conservation
* Au-delà de 12h, les L peuvent s'altérer ou se grouper en amas
* Refaire ECBU si <10.000
Non contributive
* Indication : Dépistage
* Mode de recueil : autre que le jet
2. Hématurie
Hématurie
* >10.000 / mL
* Dans un contexte infectieux penser aux
bactéries lithogènes : Proteus mirabilis, Klebsiella spp., ou Corynebacterium urealyticum.
3. Autres analyses
L'examen microscopique de l'état frais permet de mettre en évidence :
Autres
les cylindres
Ont pour origine la lumière tubulaire rénale
Cylindres
Physiologiques
Cylindres hyalins
Cylindres hématiques /leucocytaires
Pathologiques
Singnent l'origine rénale de l'Hématurie / leucocyturie
Cristaux
* Médicamenteux, d'oxalate de calcium, d'acide urique, phospho-ammoniaco-magnésien.
* Cristaux PAM : infection à une bactérie productrice d'uréase (notamment
Proteus mirabilis, Corynebacterium urealyticum) et qui provoque une alcalinisation des urines
Cellules
* Levures, Trichomonas, spermatozoïdes, oeufs de parasites ou bactéries
Cellules
Levures
Title
BACTEROIOLOGIE
BACTERIOLOGIQUE
1. Coloration Gram
1. Gram
* Facultative
* Si > 10^5 UFC/ml => sensible à 100%
* Orientation Dg et TTT rapide ou à postériori si culture (-)
2. Mise en culture
2. Culture
La mise en évidence de germs pathogènes par culture reste la méthode de référence
2.1. Choix des milieux
La majorité des bactéries responsables d'infections urinaires ne sont pas exigeantes et sont cultivées sur géloses ordinaires pendant 18 à 24h.
2.1. Milieux
Milieu chromogène
Milieux chromogènes
* Principe : substrats synthétiques analogues structuraux d'une molécule naturellement clivée par une enzyme caractéristique d'une espèce ou d'un groupe bactérien. Le substrat clivé acquiert des propriétés chromogéniques et précipite en colorant la colonie sans diffuser dans la gélose
Aavantages
Title
* Discrimination plus fine des colonies => meilleure sensibilité pour les urines polymicrobiennes.
* Identification directe d'E. coli, d'Enterococcus spp. et de Proteus mirabilis, à l'aide de tests complémentaires simples (indole, état frais)
* Economie substantielle en réactifs et en temps-technicien
Risques
* De rares souches de Citrobacter freundii
indologènes dépourvues de β-D-glucosidases peuvent être identifiées à tort comme E. coli. (voir tableau)
* Quelques souches d'Enterobacter spp. et de Citrobacter spp. ont été décrites avec un phénotype de β-D-glucuronidase.
* Possibilité de confondre un entérocoque
et un streptocoque du groupe B responsable
d'infection urinaire chez la femme enceinte ou le nouveauné. L'utilisation en parallèle d'une gélose
au sang apparaît souhaitable chez ces patients
Title
Title
Autres milieux
En fonction du contexte clinique, de l'état frais ou du Gram
Autres milieux
Suspicion de tuberculose
La recherche de M. tuberculosis sera réalisée sur les milieux adéquats.
Tuberculose
Cystite hémorragique de l'immunodéprimé
Hématurie
Corynebacterium urealyticum => gélose au sang et prolonger l'incubation au-delà de 24 heures
Bactéries à Gram positif
Si vues à l'examen direct, une gélose au sang sera systématiquement ensemencée
Gram +
Culture de 24h négative
Culture (-)
Et si présence de germes à l'examen direct, recherche d'anaérobies et de germes exigeants par une gélose au sang en anaérobiose et gélose «chocolat» sous CO2, durant 48 heures
Levures
Un milieu Sabouraud ou un milieu chromogène pour levures sera ensemencé
et incubé à 30 °C.
Levures
2.2. Ensemancement : méthode de l'anse calibrée 10µL
2.2. Ensemencement
Permet une numération de 10^3 à 10^6 UFC/ml tout en permettant l'obtention de colonies isolées
Le nbr d'UFC par 10µL équivaut à 100 fois ce nombre par 1mL (10µL x 100 = 1000µL = 1mL)
ex : 10 colonies sur gélose x 100 = 10^3UFC / mL
! Cas particulier de la PSP
En raison du seuil de significativité de la bactériurie qui est de 10^1 UFC/mL, 100µL sont étalés sur le milieu de culture.
3. Interprétation
* La morphologie des colonies oriente le choix de méthode d'identification
* IU = symtomes d'IU / Colonisation = pas de symptomes
* L'interprétation tient compte du contexte épidémiologique, des renseignements cliniques et de la cytologie
3.1. Bactériurie quantitative
4 groupes de bacteries en fonction de leur niveau d'implication dans les infections urinaires
Bactériurie
quantitative
Groupe 1
Pathogène lorsque les germes sont isolés, même en petites quantités, (10^3 UFC/ml) : E.coli et S.saprophyticus
Groupe 1
Groupe 2
Groupe 2
* Plutôt les IU nosocomiales ou avec FR anatomiques ou iatrogènes
* 10^4 UFC/ml pour la femme (10^3 UFC/ml chez l'homme pour prendre en compte la prostatite)
* Enterobactéries, enterocoqque, C.urealyticum, P.aerugenosa, S.aureus
Groupe 3
Groupe 3
* L'implication comme pathogène exige un niveau de bactériurie > 10^5 UFC/ml
* Gram positif (Streptococcus agalactiae, les staphylocoques à coagulase négative autres que Staphylococcus saprophyticus), à Gram négatif (Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, autres Pseudomonaceae) ou les Candida spp.
Groupe 4
* Habituellement la flore urétrale ou génitale de proximité
* lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobacterium spp., bacilles diphtérimorphes (sauf Corynebacterium urealyticum)
* Seul leur isolement à partir d'une ponction sus-pubienne peut permettre d'évoquer leur rôle pathogène.
3.2. Colonisation
Colonisation
* Sans symptomes et indépendement de la leucocyturie
* Fréquente chez les patients de plus de 80 ans, les diabétiques, les patients ayant une vessie neurologique, les hémodialysés, et les patients sondés de façon intermittente ou à demeure
3.3. Discordances
leucocyturie / bactériurie
Mis à part l'ATB, l'aseptie, les leucocytes vaginaux; et la contamination des prélévement
Discordances
3.4. Antibiogramme
Antibiogramme
* Tester les antibiotiques qui ont une bonne élimination urinaire, en particulier :
bêtalactamines
quinolones et fluoroquinolones, cotrimoxazole,
aminosides,
fosfomycine.
3
Title
3
3
5
4
Title
2
1
4. Résultat et suivi
4. Résulta
* Les résultats définitifs devront être accompagnés de commentaires
* Le laboratoire participe dans certains cas à la surveillance de l'IU
Remarques fréquentes
Commentaires
* Concernant le mode de prélèvement, en cas de souillure, il faut rappeler les règles strictes du prélèvement
*En cas d'interprétation litigieuse, il convient de demander un nouvel ECBU
* Des bactéries telles que Pseudomonas, Acinetobacter, Serratia signent une IU iatrogène
* BLSE : isolement
Surveillance
* ECBU après 48 heures de traitement
en cas d'évolution défavorable
* La stérilisation des urines est rapide
(< 48 heures)
* Le retour à la normale de la leucocyturie est plus lent et peut nécessiter 5 à 7 jours
* Si germe inhabituel ou multirésistant, un ECBU de contrôle à 48 heures et après l'arrêt du traitement pourra être prescrit