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Los criterios para clasificazr a los seres vivos eran las similitudes y diferencias en la estructura y aspecto entre ellos. En particular, se dividìan plantas y animales y, entre los animales, se encontraban el grupo con sangre roja y sin sangre roja
Discípulo de Aristóteles, propuso una clasificación similar. Describió la anatomía de las plantas y las clasificó según su tamaño promedio y estructura.
Sentó las bases de la clasificación actual de los seres vivos. Propuso la nomenclatura binominal, que asigna cada especie un nombre único a partir de un sistema de universal en latín, donde se indica el género y la especie, por ejemplo, los seres humanos somos Homo Sapiens. Ordenó cada organismo en categorías que van de lo general a lo particular: Reino, Filo, Clase, Orden, Familia, Género y Especie.
El estudio con el microscopio amplio el universo de los seres vivos y permitió incluir a los que son imperceptibles a simple vista. Con este nuevo panorama, Haeckel propuso el reino protista, donde ubicó a todos los organismos unicelulares.
El creciente conocimiento de los microorganismos motivó el desarrollo de nuevas clasificaciones. Así, de esta manera se dividió a los seres vivos según si sus células tenían núcleo y organelos (células eucariotas), o si no los tenían (células procariotas). Estos últimos se agruparon en el reino Monera, donde se ubicaba a las bacterias.
Propuso un sistema de clasificaron de cinco reinos en el cual se separaba definitivamente a las bacterias, hongos, plantas, animales y protistas según el tipo celular (procariotas y eucariotas), el nivel de organización (unicelular o pluricelular), el tipo de nutrición (autótrofa o heterótrofa) y el tipo de reproducción (sexual o asexual).
Propuso agrupar a los seres vivos en dominios: Bacterias, Archaea y Eucarya. Estas divisiones se relacionan con el funcionamiento de las células procariotas, formando los grupos Bacteria y Archaea. El otro dominio incluye a todos los seres vivos con células eucariotas.
En la actualidad se considera que los virus no son seres vivos. Sin embargo, por su parentesco, se los clasifica de esta manera tal como propuso Hurst. El dominio al que pertenecen se denomina Akamara, porque no poseen células.