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Un microorganismo es un ser vivo, o un sistema biológico, que solo puede visualizarse con el microscopio. Son organismos dotados de individualidad que presentan, a diferencia de las plantas y los animales, una organización biológica elemental.
Las aguas residuales dependiendo de su composición y concentración pueden llevar en su seno gran cantidad de microorganismos. También influyen en su presencia la temperatura y el pH, puesto que cada uno de estos requieren unos valores determinados de estos parámetros para desarrollarse. El conocimiento de estos organismos resulta útil al determinar la toxicidad de las aguas residuales evacuadas al medio ambiente.
ALGAS.
Las bacterias presentes en el agua residual pueden ser de origen fecal o implicadas en el proceso de biodegradación.
La presencia de las algas en las aguas residuales es muy importante, ya que contribuyen, con las bacterias, a la estabilización de la materia orgánica presente en las aguas residuales, utilizándola como fuente de carbono.
Spirochaeta sp. es un ejemplo de bacteria presente en las aguas residuales. Se trata de una bacteria con forma de filamento, enrollada en hélice sobre si misma, esta habita en medios donde abunda la materia orgánica disuelta.
Chaetophora elegans es un ejemplo de alga que está presente en las aguas eutrofizadas. Es un alga verde, con cloroplastos bien definidos y que forma ramificaciones.
VIRUS.
Los virus son partículas parásitas de células de otros organismos, formadas por un cordón de material genético y una capa proteínica que los recubre.
Su presencia en las aguas residuales es debida a la excreción por parte de individuos infectados, ya sean humanos o animales. Por tanto, pueden representar un importante peligro para la salud pública.
PROTOZOOS.
HONGOS.
Son microorganismos eucariotas cuya estructura está formada por una sola célula. Los protozoos que se encuentran más frecuentemente en las aguas residuales son: amebas, flagelados, y ciliados libres, fijos y reptantes.
Desde el punto de vista ecológico, los hongos presentan ciertas ventajas sobre las bacterias: pueden crecer y desarrollarse en zonas de poca humedad y en ambientes de pH bajo.
Sin la colaboración de los hongos en los procesos de degradación de la materia orgánica el ciclo del carbono se interrumpiría en poco tiempo y la materia orgánica empezaría a acumularse.
Paramecium caudatum, protozoo ciliado con una forma característica. Se alimenta de bacterias y habita en aguas con elevada carga nutritiva.
Eliminación de microorganismos por los procesos de tratamiento.
Sedimentación: Los parásitos pueden ser eliminados por sedimentación directa o por absorción en los sólidos que están en proceso de sedimentación.
Lagunas: Los estanques para el tratamiento de aguas residuales, siempre que tengan una dimensión y una gestión adecuadas , son capaces de conseguir calidades microbiológicas bastante buenas.
Los estanques de oxidación normalmente ofrecen buenas condiciones para la sedimentacion de quistes de protozoos y helmintos.
Cloración: Los efectos bactericidas de los agentes desinfectantes dependen del pH, del tiempo de contacto y de la temperatura del agua, la dosificación de cloro depende de la calidad del agua residual y de otros factores