En su primera nota de protesta luego del incidente del 22 de enero de 1981, la Cancillería ecuatoriana había acusado al Perú de "violación del territorio ecuatoriano". Luego del inicio de los ataques peruanos contra los puestos ecuatorianos el 28 de enero, la Cancillería ecuatoriana, protestando por los nuevos ataques " al puesto ecuatoriano de Paquisha, en la Cordillera del Cóndor" omitía referencias explícitas a actos de violación territorial. Para complicar la situación, el diario quiteño El Comercio, en su edición del 29 de enero de 1981, junto al titular "Se combate en la frontera", incluía un mapa que bajo el título "Escenario de los Hechos" señalaba a la pequeña población ecuatoriana de Paquisha, indicando que los enfrentamientos tenían lugar "alrededor del puesto militar de Paquisha junto al río Nangaritza, en la cordillera del Cóndor". Dicha nota fue rectificada en la edición del día siguiente del mismo diario pero el Perú tomó esta noticia como reconocimiento del intento del Ecuador por confundir a la opinión pública y a la comunidad internacional. El día 31 de enero el presidente peruano Fernando Belaúnde Terry viajó al destacamento Paquisha, capturado el día anterior. En entrevista con los periodistas que lo acompañaron. El 2 de febrero, en la Reunión de Cancilleres de la OEA convocada a pedido del Ecuador, el canciller ecuatoriano Alfonso Barrera acusó a al Perú de haber atacado puestos ecuatorianos que, al estar en la zona no delimitada, el Perú no podía considerar como territorio peruano. En su réplica, el canciller peruano Javier Arias Stella insistió nuevamente en denunciar la "maniobra" ecuatoriana de crear el "Falso Paquisha", y en apoyo a su tesis mostró el mapa publicado por El Comercio el 29 de enero. Aquello fue rechazado por Barrera, quien recalcó que la Cancillería ecuatoriana había precisado que el ataque había sido realizado al "destacamento de Paquisha ubicado en la Cordillera del Cóndor, aproximadamente a veinte kilómetros al este de la localidad del mismo nombre en la Provincia de Zamora Chinchipe".
Ante esa inejecutabilidad del Protocolo, resulta indispensable establecer una línea de frontera que distribuya equitativamente entre los dos países el espacio geográfico comprendido entre los ríos Zamora y Santiago. Esa distribución, no obstante, sólo puede hacerse atendiendo a los derechos de las partes y reconociendo al Ecuador el acceso que demanda al Marañón-Amazonas, en debida atención a sus históricos derechos amazónicos y a los requerimientos de su desarrollo como país condómino en la Cuenca del Gran Río. De esa forma se abrirán amplias posibilidades para la cooperación de las dos partes en proyectos de interés común en la Amazonia, y para una útil y fácil comunicación de los puertos marítimos del Ecuador tanto con los accesos ecuatorianos al Amazonas y sus afluentes como con los polos de desarrollo binacional y multinacional en la región.
La argumentación peruana señala lo siguiente sobre este tema: El Perú no tiene territorios pendientes de "devolución" con ninguno de sus vecinos; Mientras Tumbes y Piura son invariablemente peruanas, Jaén perteneció a la Real Audiencia de Quito sólo entre 1563 y 1567 y entre 1819 y 1821, habiéndose pronunciado multitudina-riamente por su pertenencia al Perú en ambas oportunidades, decisión ratificada por el virrey Francisco de Toledo (1569-1581, durante el reinado de Felipe II de España, 1556-1598, de la Casa de Austria) y por el gobierno del Perú en 1821; Maynas (esto es, Amazonas y Loreto) nació como provincia peruana y fue adscrita al Virreinato de Santa Fe de Bogotá recién en 1772, pero pasó a ser una gobernación directamente dependiente del Virrey del Perú o Virreinato del Perú por cédula real del 15 de julio de 1802. El Protocolo de Río de Janeiro es un tratado internacional perfectamente ejecutable y su cumplimiento no admite revisión alguna.
El Protocolo de Río de Janeiro es un tratado cuyo cumplimiento no puede ser exigido al Ecuador por cuanto fue un texto impuesto, y su suscripción se realizó estando ocupada una gran parte del territorio nacional. El Protocolo de Río de Janeiro señala el divisor de aguas Zamora-Santiago para distribuir equitativamente entre los dos países el espacio geográfico entre los ríos Zamora y Santiago. Sin embargo, en la realidad geográfica no existe dicha divisoria de aguas por el hecho de que el río Cenepa, que antes se pensaba que era un afluente insignificante del río Marañón-Amazonas, resultó ser un sistema hidrográfico independiente y mucho más extenso, interpuesto entre el Zamora y el Santiago. Al no existir la divisoria de aguas Zamora-Santiago es inaplicable el trazado de la frontera en este sector enunciado en el artículo VIII. B.1.7
El 22 de enero de 1981, el gobierno peruano denunció un ataque a una de sus aeronaves cuando realizaba una misión de abastecimiento a puestos de vigilancia en el río Comaina (territorio peruano). El entonces Presidente del Perú, Arquitecto Fernando Belaúnde Terry, ordenó la inspección del río Comaina hasta sus nacientes en el lado oriental de la Cordillera del Cóndor, comprobándose la existencia, dentro de territorio peruano, de tres destacamentos militares ecuatorianos, con sus respectivas instalaciones. Este hallazgo causó acciones de fuerza, logrando las fuerzas peruanas desalojar los destacamentos ecuatorianos.
La posición ecuatoriana señalaba que esos destacamentos correspondían a la base de "Paquisha", establecida en territorio ecuatoriano. Pero, tras la medición de las coordenadas, se comprobó que no correspondían a la mencionada Paquisha sino, como lo calificó el presidente Belaúnde, a un "falso Paquisha". Tras las escaramuzas, que motivaron la intervención de la Organización de Estados Americanos (OEA), el acta Sorrosa-Du Bois fijó las coordenadas de ubicación permitidas para las tropas fronterizas, ratificando la condición de la mencionada cordillera como límite natural entre ambos países.
En 1992, los presidentes del Perú y Ecuador, Alberto Fujimori Fujimori y Rodrigo Borja Cevallos, suscribieron el llamado Pacto de Caballeros en el que se comprometían a buscar soluciones pacíficas a las diferencias. Sin embargo, en el mes de diciembre de 1994 se empiezan a notar movilizaciones del ejército del Ecuador, que desde 1981 había estado preparándose para afrontar un conflicto generalizado, desplegando sus sistemas de defensa en el área de la Cordillera del Cóndor.6
a. Campo diplomático: A pesar de haber sido Ecuador el agresor, tomó la iniciativa de convocar, en sus propios términos a la Reunión de Consulta de la OEA.
La Resolución de la OEA se refirió a países miembros y no Garantes del Protocolo.
El Comunicado de los Garantes expedido después del abatimiento del helicóptero, señaló que los hechos se habían producido en la "vertiente oriental", sin manifestar expresamente que era territorio peruano
b. Campo Sicológico: Las maniobras ecuatorianas en el dominio psicológico, ejecutadas con el mayor de los cinismos, reclamaban una campaña sicológicas peruana que haga llegar al mundo la verdad de las cosas, es decir, que el Perú jamás ha tomado territorios que no le correspondieron, que no aspiraba a una sola pulgada de suelo ecuatoriano, que sólo defiende la validez del Protocolo y que, al mismo tiempo, haga conocer las provocaciones constantes y agresiones a nuestra frontera. Igualmente, en el frente interno a pesar del apoyo unánime demostrado al Gobierno durante el conflicto es necesario fortalecer la moral nacional, despertar el espíritu patriótico y de sacrificio, y afirmar la convicción de legitimidad de la lucha.
c. Campo geopolítico: La falta de consistencia, de crecimiento y de fuerza de nuestras fronteras son prueba de la incapacidad del núcleo principal, Lima Metropolitana, para generar un grado tal de energía que se proyecte sobre la periferia.
d. Campo Político Y Estrategia: Ante la hipótesis de una nueva invasión ecuatoriana, la acción militar deberá ser llevada del territorio nacional al territorio ecuatoriano, ocupando en otro teatro de Operaciones un objetivo limitado, para dotarnos, así, de una "prenda territorial" que garantice que el Ecuador no reitere su consabida estratagema y abandone de una vez por todas sus descabelladas pretensiones de ser país ribereño del Amazonas.