Los segmentos de ADN clonados pueden recuperarse de las células huésped, purificarse y analizarse.
Se corta el ADN donante mediante enzimas de restrición, que localizan y cortan los dos extremos del fragmento que interesa.
Los fragmentos de ADN obtenidos mediante enzimas de restricción se unen al vector mediante otros vectores.
Esos mismos enzimas se usan para crear en el vector (molécula de ADN de naturaleza diversa, que puede reproducirse autónomamente y en la cual se puede introducir otros fragmentos de ADN) puntos donde se rompe para introducir el ADN donante.