Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

omi

No description
by

Reija Autio

on 9 September 2014

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of omi

Syöpä
(geeniekspressio, miRNA ekspressio, geenien kopioluku)
Liikalihavuus
(SNP, metabolomiikka, geeniekspressio, suoliston bakteeri- ja viruskanta)
Kantasolut
(geeni/eksoni/transkriptiekspressio, SNP, kopioluku)
Nanopartikkelit
(geeniekspressio, in vivo, in vitro, altistuskokeet, aikasarjat)

Omiikkadata:
tutkimusaiheita

Tietoa
big-datan
uumenista -
Menetelmiä
omiikka
-datan analyysiin ja visualisointiin

Tuomela S, Autio R, Buerki-Thurnherr T, Arslan O, et al. (2013) Gene Expression Profiling of Immune-Competent Human Cells Exposed to Engineered Zinc Oxide or Titanium Dioxide Nanoparticles. PLoS ONE 8(7): e68415

DBComposer:
An R package for integrative analysis and management of gene expression microarray data


NanoMiner – Resource for Human Transcriptomics Data in Nanoparticle Research


POMO - Plotting Omics analysis results for Multiple Organisms

Tietokannat, resurssit ja ohjelmat
ESTOOLS DATA@HAND
Kong, L., Aho K-L, Granberg, K, Lund, R., Järvenpää, L., Seppälä J., Gokhale, P., Leinonen, K., Hahne, L., Mäkelä,J., Laurila, K., Pukkila, H., Närvä, E., Yli-Harja, O., Andrews, P.W.,  Nykter, M., Lahesmaa, R., Roos, C., Autio, R. (2013)
ESTOOLS Data@Hand: human stem cell gene expression resource,

Nature Methods
10, 814-815

Integraatioanalyysit
Klusterointi ja luokittelu
Verkot ja interaktiot
Tutkimus
Kong, L., Tuomela, S, Hahne, L., Ahlfors, H., Yli-Harja, O., Fadeel, B., Lahesmaa, R., Autio R (2013)
NanoMiner - Integrative Human Transcriptomics Data Resource for Nanoparticle Research,

PloS ONE
Jul 22;8(7):e68414
Lin, J., Kreisberg, R., Kallio, A., Dudley, A.M., Nykter, M., Shmulevich, I., May, P., Autio, R. (2013)
POMO - Plotting Omics analysis results for Multiple Organisms
,
BMC Genomics
2013, 14:918
Omiikkadatat
Erityisesti erilaisilla mikrosiruilla mitattu data ja niiden integrointi
Uutta tietoa vanhasta datasta
Datan esikäsittely ja normalisointi
Tietokannat, resurssit ja ohjelmat data-analyysien tekoon ja datan visualisointiin
Kehitetyt menetelmät käyttöön myös muille
Tietokantoihin on oman datan lisäksi kerätty samanalaista dataa myös julkisista tietokannoista

Omiikka mittauksissa mitataan tuhansia/miljoonia arvoja samanaikaisesti esim. geeniekspressio, geenien kopioluku, SNP
Haasteet:
tieto hukkuu datan paljouteen
käsittely joskus hankalaa datan suuren määrän takia
datojen integrointi haastavaa


Kilpinen, S., Autio, R., Ojala, K., Iljin, K., Bucher, E., Sara, H., Pisto, T., Saarela, M., Skotheim, R.I., Björkman, M., Mpindi, J.-P., Haapa-Paananen, S., Vainio, P., Edgren, H., Wolf, M., Astola, J., Nees, M., Hautaniemi, S., Kallioniemi, O. (2008)
Systematic bioinformatic analysis of expression levels of 17330 human genes across 9783 samples from 175 types of healthy and pathological tissues
,
Genome Biology
9:R139.
Omiikkadatan analyysi
Esim. geenien kopioluku vs. geenien ekspressio
- tilastollinen testaus assosiaatioista
- tulosten visualisointi
Full transcript