Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

PCR NEDİR ?

No description
by

zehra çalışkan

on 13 September 2014

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of PCR NEDİR ?

PCR NEDİR ?
PCR, Polimeraze Chain Reaction kelimelerinin baş harflerinden oluşan bir kısaltmadır ve Türkçe'de Polimeraz Zincir Reaksiyonu anlamına gelmektedir.

PCR ilk defa 1985 yılında Celera genomics çalışanı Carry Mullis tarafından tanımlanmış ve günümüze kadar birçok defa geliştirilerek kullanılmaya devam edilmiştir.

PCR, bir DNA zincirinin bilinen iki parçası arasında uzanan özel bir DNA bölümünün enzimatik olarak çoğaltıldığı in vitro bir tekniktir. Başlangıçta belirli bir genin sadece küçük bir parçası elde edilebilirken, günümüzde PCR kullanarak genomun tamamı bilinmeden ve konak hücreye gerek kalmadan sadece istenilen DNA dizisinin bilinmesiyle, o DNA parçası in-vitro olarak birkaç saat içinde tek bir gen kopyasından milyonlarca kopya çoğaltılabilir.

Pcr 3 temel döngünün tekrarından oluşmaktadır;

Denatürasyon; 94ºC’de çift iplikçikli DNA’nın iki tek iplikçiğe ayrılması,

Annealing (eşleşme); 50-60ºC’de primerlerin tek iplikçik halindeki kalıp DNA’ya spesifik olarak bağlanmaları,

Extension (sentez); 72ºC’de, primerlerle sınırlandırılmış olan bölgenin Taq pol. tarafından amplifikasyonu.

Pcr'da gerekli olan reaktifler nelerdir?

1- Kalıp olarak kullanılacak DNA

2- İki tane tek iplikli sentetik DNA oligonükleotidi (forward ve reverse primer), PCR yapılmak istenen gen dizisini belirler,

3- Dört tip deoksiribonükleotid trifosfat (dNTPs),

4- Yüksek ısıda çalışabilecek bir DNA polimeraz (Taq DNA pol.)

PCR yönteminin gelişmesinde en büyük katkıyı Taq Polimeraz enziminin bulunması yapmıştır çünkü bu enzim yüksek sıcaklıklarda dahi dayanabilen tek enzimdir.

Real Time PCR Nedir?

Real Time PCR cihazı floresan boyalar kullanılarak gerçek zamanlı olarak DNA'nın belirlenmesi ve miktarının gösterilmesi tekniğidir. Bu sistem; DNA ekstraksiyonu ve ardından DNA'nın çoğaltılarak uygun dalga boyunda tespit edilmesi esasına dayanmaktadır.

Real-Time PCR Aşamaları
Numunenin Homojenizasyonu

Real Time PCR çalışmalarında kullanılacak numune miktarı çok azdır. Bu nedenle analizi yapılacak numunenin son derece iyi bir şekilde homojenize edilmesi gerekir.

DNA'nın İzolasyonu

Hücrenin çekirdeğindeki DNA'ya ulaşmak için hücre duvarının parçalanması gerekmektedir. Parçalama fiziksel ve kimyasal yollarla yapılabilir. Fiziksel olarak ısıtılan hücreler aynı zamanda kimyasal karışımlara tabi tutularak duvarın parçalanması sağlanır.

Çalışma Miksi ve PCR Plate'inin Hazırlanması

Real Time PCR çalışmalarında kullanılacak reaktiflein hazırlandığı aşamadır. Bu amaçla kit içeriğinde bulunan reaktifler uygun miktarlarda karıştırılarak çalışma miksi hazırlanır. Çalışma miksi hazırlandıktan sonra üzerine numune DNA'sı pipetlenir. Ayrıca negatif kontrol, pozitif kontrol, inhibisyon kontrolü, çevre ve ekstraksiyon kontrolleri de ilave edilir. Pipetleme sonucunda plate ya da aparatlar kapatılarak cihaza yükleme yapılır.

PCR'a Yükleme

Hazırlanan PCR plateleri yada ilgili aparat PCR cihazına yerleştirilerek uygun program seçilir.



Sonuçların Değerlendirilmesi
Ülkemizde gıda kontrollerinde mikrobiyoloji ve GDO analizleri, et tür tayini ve gıda maddelerinde soya aranması gibi analizlerde Real-Time PCR yöntemlerinden yararlanılmaktadır.
Et Tür Tayininde Real Time PCR Kullanımı

Et sektöründe tağşiş ve orjinallik problemlerine sıklıkla rastlanmaktadır. Dana ve koyun etlerine, yapısal benzerlikleri nedeniyle domuz, at ve eşek gibi hayvanların etleri karıştırılabilmektedir. Bu tür tağşişler önemli sağlık problemlerinin yanında, müslüman ve yahudi toplumları açısından önemli dini sakıncaları da beraberinde getirmektedir.

Benzer pigmentasyona sahip et türleri (dana-at, koyun-at ve domuz-tavuk gibi) dondurulduklarında ya da işlenmiş et ürünlerinde kullanıldıklarında tüketici tarafından teşhis edilmeleri imkansız hale gelir. Bu durum işlenmiş et ürünleri başta olmak üzere tüm et ürünlerinde tür tayinini gerekli kılmaktadır.

Et ve et ürünlerinin elde edildiği hayvan türlerini belirlemek ve bu yolla yapılabilecek hileleri önlemek amacıyla son yıllarda DNA'ya dayalı teknikler oldukça önem kazanmış ve PCR tekniği, alternatif bir metot olarak öne çıkmıştır.

Mikrobiyolojik Analizlerde Real Time PCR Kullanımı

Gıda sektöründe en önemli risklerden birini gıda patojenleri oluşturmaktadır. Patojenlerin analizinde kullanılan klasik yöntemler kesin sonuçlar vermelerine rağmen analiz sürelerinin uzunluğu önemli bir dezavantaj olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu önemli sorunun üstesinden gelmek ve kesin sonuçlara ulaşmak amacıyla Real Time PCR yöntemleri gıda mikrobiyolojisinde uygulama alanı bulmuş ve önemli bir avantaj sağlamıştır.

Real time PCR ile tespiti mümkün olan bazı patojenler şunlardır:

• Salmonella spp.
• Listeria spp.
• Listeria monocytogenes
• Enterobacter sakazakii
• Campylobacter spp.
• E.coli 0.157:H7
• V.parahaemolyticus
• V.cholera

GDO Analizlerinde Real Time PCR Kullanımı

Tarım bakanlığının 26.10.2009 tarihinde çıkarmış olduğu yönetmelikle GDO'lu ürünlerin ülkemize girişi yasaklanmış ve araştırma boyutundaki analizlerin rutin laboratuvar uygulamalarında kullanılmasının önü açılmıştır.

Gelecekteki Fırsatlar

Real Time PCR yöntemleri ülkemizde GDO ve mikrobiyolojik analizlerde sıkça kullanılmasına rağmen gıda maddelerinde ve özellikle gıda katkı maddelerinde (jelatin vb. katkı maddelerinde) domuz DNA'sı analizi nadiren yapılmaktadır. Gündemde olan "Helal Gıda" sertifikası gibi uygulamaların hayata geçmesi durumunda et ve et ürünlerinde tür tayini, katkı maddelerinde domuz DNA'sı aranması, allerjenlerin tespiti gibi konularda Real Time PCR yöntemlerinin kullanılması gıda sektörü açısından önemli avantajlar sağlayacaktır.

Beni dinlediğiniz teşekkür ederim... :)
Full transcript