Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

Crispr

No description
by

Numan Eczacıoğlu

on 21 June 2016

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of Crispr

CRISPR
(Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats) -"Düzenli Aralıklarla Bölünmüş Palindromik Tekrar Kümeleri”
Bakteri DNA’larını inceleyen bilim adamları 1980’lerden beri belli aralıklarla birbirinden ayrılmış ve tekrar eden dizinlere rastlanmıştır
Bu dizinlerin görevi ve nasıl bakteri DNA’sına entegre olduğu kısmen 2005 yılında keşfedildi
Bu DNA parçaları bazı virüslerin DNA’sıyla birebir eşleşiyor.
Kendi DNA’sında virüs DNA’sından parçalar taşıyan bakterilerin o virüslere karşı dirençli olduğu bulundu
Hücrenin saldırılardan kurtulabilmesi için virüs listesine sahip olması tek başına yeterli değil
Bakterinin virüs kontrolü ele almadan DNA’sını tanıması ve parçalaması gerekli.
Bu aşamada CRISPR’dan sentezlenen RNA’lar (crRNA) ve Cas proteinleri devreye giriyor.
crRNA’lar virüs DNAları baz alınarak sentezlenen tek sarmal RNA’lar ve virüs hücreye girdiğinde virüs DNA’sıyla nükleotit eşleşmesi (base pairing) yaparak tanımayı sağlıyor
Genetik Mühendisliği'nde Kullanımı
CrispR'ın bizim işimize yarayan kısmı Cas9’ın hedef DNA’lar üzerinde rastgele değil de, crRNA/rehber RNA’lar sayesinde nokta atışı yerlere bağlanabilmesi
Gen İnaktivasyonu
Gen Modifikasyonu
DNA’yı kesip içinden bozuk olduğunu düşündüğünüz parçayı çıkarmak ve/ya yenisini yerleştirmek
Bakteriler, saldırısından sağ kurtulmayı başardıkları virüslerin DNA’larından parçaları, kendi DNA’larına ekleyen ve bu sayede aynı virüsün sonraki saldırılarından korunmayı sağlayan bir savunma sistemine sahiptirler...
Hücreye giren her yeni virüsün DNA parçaları Crispr dizilimi içinde kaydediliyor
Böylece bakteri DNA’sında bir envanter listesi çıkartılmış oluyor.
Bakteriler hücrelerine giren ve kurtulmayı başardığı virüslerin birer kopyasını, adeta “arananlar” listesi şeklinde kendi DNA’sında saklıyor
crRNA’larla hedef alınan kısımlar, aktif Cas9 kullarak kesiliyor. Sonrasında hücreye yama etmek istenilen DNA parçaları enjekte ediliyor.
Yamanacak parçanın başı ve sonu orijinal DNA ile uyuşmalı
Böylece hücrenin tamir enzimleri yamadığımız parçayı orijinal DNA'sı gibi onarabilir.
Homologous Directed Repair
CRISPR-Cas9 Sisteminin Potansiyel Kullanımı
Düzgün çalışmayan ya da hastalıklara sebep olacak genleri işlevsizleştirmek ve protein sentezini durdurmak
Organizmaya yeni özellikler kazandıracak genler eklemek
Mevcut genlerin yerine daha sağlıklı, dayanıklı, zeki vb. istenilen özellikteki genleri organizmaya doğrudan embriyo safhasında yerleştirebilmek
Neden Crispr/Cas9
Uygulaması çok daha kolay
Çok daha ekonomik
Çok daha hızlı
Crispr/Cas9 Nedir?
Nasıl Çalışır?

Bakteriyel Savunma
Genetik Mühendisliğinin Tarihçesi
Ve Sonra ...
Luciano A. Marraffini, 2015
Adını sıklıkla duyacağınız “cas”, “CRISPR-associated” sözcüklerinden türetilmiş bir kısaltmadır. Cas gen bölgesi, cas genleri denilen, nükleazlar, helikazlar, polimerazlar ve polinükleotit-bağlayıcı proteinler gibi, biribirine benzemeyen genlerin bir araya getirildiği bir (operon) gen bölgesidir. Çoğunlukla cas genlerine bitişik olarak duran CRISPR gen bölgesi, son derece değişkenlik gösteren “spacer” adı verilen nükleotit dizileri ile bitişik halde bulunması engellenmiş çok sayıda (palindromik) tekrar dizileridir (Haft ve ark. 2005)
Zafer Çetin, 2014
Zafer Çetin, 2014
Patrick D. Hsu, 2014

CRISPR yöntemini kullanarak farelerde Duchenne musküler distrofi (DMD) hastalığına neden olan genin hatalı bölümünü kesip çıkarmayı başardılar ve böylece farelerin vazgeçilmez bir kas proteinini üretmesini sağladılar.
Kaynaklar
Seruggia, D., Fernández, A., Cantero, M., Pelczar, P., & Montoliu, L. (2015). Functional validation of mouse tyrosinase non-coding regulatory DNA elements by CRISPR–Cas9-mediated mutagenesis. Nucleic acids research, 43(10), 4855-4867.
Hsu, P. D., Lander, E. S., & Zhang, F. (2014). Development and applications of CRISPR-Cas9 for genome engineering. Cell, 157(6), 1262-1278.
Marraffini, L. A. (2015). CRISPR-Cas immunity in prokaryotes. Nature, 526(7571), 55-61.
Haft, D. H., Selengut, J., Mongodin, E. F., & Nelson, K. E. (2005). A guild of 45 CRISPR-associated (Cas) protein families and multiple CRISPR/Cas subtypes exist in prokaryotic genomes. PLoS Comput Biol, 1(6), e60.
http://www.mscience.com.au/view/ge-dharmacon/dhacrisprlp
Nelson, C. E., Hakim, C. H., Ousterout, D. G., Thakore, P. I., Moreb, E. A., Rivera, R. M. C., ... & Asokan, A. (2016). In vivo genome editing improves muscle function in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy. Science, 351(6271), 403-407.
Zou, Q., Wang, X., Liu, Y., Ouyang, Z., Long, H., Wei, S., ... & Ni, Q. (2015). Generation of gene-target dogs using CRISPR/Cas9 system. Journal of molecular cell biology, 7(6), 580-583
http://www2.sluh.org/bioweb/bi100/tutorials/dnastructure.htm
http://bilimvebilimadami.com/crispercas-bakterilerin-genomik-savasi/
http://zlab.mit.edu/publications.html
http://www.nature.com/news/crispr-the-disruptor-1.17673
http://www.thezeppelin.org/omg-essere-geneticamente-modificabili/
https://www.abbexa.com/news/tag/crispr
http://www.gercekbilim.com/muskuler-distrofi-fareler/
Virüs DNA’sını hedef almak yerine, bir gen dizilimini kullanarak rehber RNA üretsek, bu sayede Cas9 bizim hedef aldığımız gene bağlanacak. Cas9’ın aktif kısmındaki bir mutasyonla DNA’yı kesme işlevini yapamaz hale getirdiğinizde ise, elinizde DNA üzerine boncuk dizer gibi “bloklar” yerleştirebileceğiniz bir sisteminiz oluyor.
http://www.thezeppelin.org/omg-essere-geneticamente-modificabili/
https://www.abbexa.com/news/tag/crispr
İçerik
1. Genetik Mühendisliğinin Tarihçesi
2. Crispr/Cas9 Nedir? Nasıl Çalışır?
3. CRISPR-Cas9 Sisteminin Potansiyel Kullanımı
4. Kaynaklar

1/30
2/30
3/30
4/30
5/30
6/30
7/30
8/30
9/30
10/30
11/30
12/30
13/30
14/30
15/30
17/30
18/30
19/30
20/30
21/30
22/30
23/30
24/30
25/30
26/30
27/30
28/30
16/30
29/30
30/30
http://www.nature.com/news/crispr-the-disruptor-1.17673
http://www.nature.com/news/crispr-the-disruptor-1.17673
Düzenli Aralıklarla Bölünmüş Palindromik Tekrar Kümeleri
Danışman
Doç.Dr. Metin Sezer

Numan Eczacıoğlu
140842202

Seminer sunumunun hazırlanmasında yardımlarını esirgemeyen değerli hocam Yrd. Doç. Dr. Yakup Ulusu' ya teşekkür ederim ..
Full transcript