Loading presentation...
Prezi is an interactive zooming presentation

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

Pathway analizleri

No description
by

Ezgi Altın

on 26 May 2014

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of Pathway analizleri

PA İçin Araçlar (Kapsamlı olmayan liste)
Biyoinformatikte Trendler
Image by Tom Mooring
Biz PA'dan ne çıkarım yapıyoruz?

Ezgi ALTIN
Biyoinformatik A.D Yüksek Lisans Öğrencisi
N13129758

Biz PA'dan ne çıkarım yapıyoruz?
Söz konusu hastalık mekanizmalarını anlamak için bulguları tam olarak derinlemesine içeriğe yerleştirmeyi
Belirli bir hastalığın etiyolojisi ve ilişkili gen ve proteinlerin belirlenmesini
İlaçların hedeflerinin çıkarımını
Hastalık sürecinde düzeltme amaçlı müdahalenin nasıl olması gerektiğinin anlaşılmasını
Uygulamaya yönelik literatür araştırmalarının yapılmasını
• Ingenuity Pathway Analysis (www.ingenuity.com)
• Pathway Studio (www. ariadnegenomics.com)
• GenMAPP (www. genmapp.com)
• WikiPathways (www. wikipathways.org)
• cPath (cbio.mskcc.org/cpath)
• BioCyc (www.biocyc.org)
• Pubgene (www.pubgene.org)
• PANTHER (www. pantherdb.org)
• WebGestalt (bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/)
• ToppGene Suite(/toppgene.cchmc.org/)
• DAVID(david.abcc.ncifcrf.gov/)
• Pathway Painter(pathway.painter.gsa-online.de/)
Pathway Analizleri
Neden Pathway Analizleri?
Herhangi bir high-throughput deneyde mantıklı bir sonraki adım
High-thruoghput deneyler biyolojik sonuçlar üretmezler.
Genler tek başına çalışmazlar, karmaşık ağların etkileşimleri görev yerleri olabilir.
Biyolojik süreç, yolları ve ağlar bağlamında verileri yorumlamaya yardımcı olur.
Eldeki veri ve sorun hakkında global bir bakış
Her şey bir ilişkiye sahip her şey bağlantılı. Bizim yapmak istediğimiz de bu ilişki ya da bağlantı
Data birleştirmesi: çeşitli biyolojik bilginin entegresi
Bilimsel literatür, knowledge veritabanları
Genom sekanslamaları
Protein sekanslamaları, motifleri veya yapıları
Fonksiyonel keşif: fonksiyonları genlere atamak
Bilinen genlerin çok azının fonksiyonları atanmış
Fonksiyonu anlamadan ilaçlar da oluşturulamaz
Uygun Veritabanları (kapsamlı olmayan liste)
Neden Pathway Analizi Yazılımları?
Bir öğrenme aracı
Gen ürünlerinin grup çalışması
Bir veri analiz aracı
Hangi pathwayler özellikle etkilendi?
Biyomarkerlara benzeyen hangi hastalık?
Genel bir hipotez aracı
İlgilenilen genin düzenleme mekanizmaları hakkında bilgi verebilir. Gözlenen değişikler için olası hangi madde? Bu değişiklikler sonucu neyin gerçekleşmesi olası?
Genlerin olayda giriş ve çıkışlarındaki etkileri
Hastalıkların yan etkileri hakkında öneriler
Yeni etkiler olduysa daha fazla araştırılmalı mı?Program
neyi açıklamıyor?
Bu araçlar aradığınız bilgi için sizi ne kadar uzağa götürecek?
Araçlar yeni
Veritabanları genişliyor
Yeni keşifler her zaman gerçekleşiyor
Elbers et. al 2009
Elbers et. al 2009
Farklı veritabanları kullanılmalı
Örneğin KEGG, BioCarta
Farklı sürümlere dikkat edilmeli
Farklı veritabanı sürümleri sonuçları değiştirir.
Farklı istatistik testleri denenmeli
Farklı sınıflandırmalar/tanımlamalar kullanılmalı
Örneğin "inflamasyon" gibi genel bir tanım yerine daha spesifik tanımlar/aramalar
Ne yapılabilir?
Biyolojik Pathway Oluşum Süreci
Viswanathan G, et al PLo2008
Pathway Analizi Basamakları
Data Driven Objects (DDO)
Spesifik bir deneydekiönceden tanımlanmış gen ve proteinler (Örneğin Microarray çalışması)
Knowledge Driven Objects( KDO)
Hücre tipleri, hastalıklar veya sistemler gibi bir bilgiden pathway geliştirme
KDO Pathway Örneği
Viswanathan G, et al PLo2008
Araştırma ve İnceleme
Pathway yapımı
Analiz
Standart Pathwayler
Veritabanındakı her veri pathway'e ait olmak zorunda değildir.
Pathwayler istatistiksel ihtimallerden ziyade kesin biyolojik sonuçlardan oluşturulur.
İçerik! Pathway analizlerinde en önemli nokta.
Bulguların hepsi deneysel olarak sonuçlanmış olmalı...

Hatırlatmalar
1)Viswanathan et al. PLoS 2008
2)Ramanan et al.NIH 2013
3)Sun NIH 2013
4)Papin et al. Cell Press 2004
5) Joshi-Tope G, Gillespie M, Vastrik I, D'Eustachio P, Schmidt E, et al. Reactome Nucleic Acids Res. 2005
6)Kashtan N, Itzkovitz S, Milo R, Alon U. et al. Bioinformatics. 2004
7)Magtanong L, Ho Hei C et al., Nature Biotechnology 2011
8)Stegalli M D, Park W, Kidney International, 2007

GeneGo/MetaCore (www.genego.com)
Werner T. Curr Opion Biotechnology 2008
Magtanong L, Ho Hei C, 2011
DDO Pathway Örneği
Stegalli M D, Park W, 2007
Full transcript