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Uso del software EstimateS para estudios de biodiversidad

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Giovanna Villalobos

on 3 November 2013

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Transcript of Uso del software EstimateS para estudios de biodiversidad

Uso del software EstimateS para estudios de biodiversidad
Biol. Giovanna Villalobos Jiménez, 2013
¿Qué es la
biodiversidad
?

“la variabilidad de organismos vivos de cualquier fuente, incluidos, entre otros, los ecosistemas terrestres y marinos y otros ecosistemas acuáticos y los complejos ecológicos de los que forman parte; comprende la diversidad dentro de cada especie, entre las especies y de los ecosistemas” (UNEP, 1992).
α
β
γ
α
α
β
β
Diversidad de especies
¿Cuáles son los
tipos de diversidad?
DIVERSIDAD GENÉTICA
DIVERSIDAD DE ESPECIES
DIVERSIDAD ECOLÓGICA
¿Cómo medir la diversidad alfa?
Índices para medir estructura
Índice de Simpson
: Manifiesta la probabilidad de que dos individuos tomados al azar de una muestra sean de la misma especie. Está fuertemente influido por la importancia de las especies más dominantes (Magurran, 1988; Peet, 1974). Como su valor es inverso a la equidad, la diversidad puede calcularse como 1 – λ (Lande, 1996).
H’ = – Σpi ln pi
λ = Σpi²
Índice de Shannon-Weaver
: Expresa la uniformidad de los valores de importancia a través de todas las especies de la muestra. Mide el grado promedio de incertidumbre en predecir a que especie pertenecerá un individuo escogido al azar de una colección (Magurran, 1988; Peet, 1974; Baev y Penev, 1995). Adquiere valores entre cero, cuando hay una sola especie, y el logaritmo de S, cuando todas las especies están representadas por el mismo número de individuos (Magurran, 1988)
Métodos no paramétricos
Chao 1:
Estima el número de especies esperadas considerando la relación entre el número de especies representadas por un individuo (singletons) y el número de especies representadas por dos individuos en las muestras (doubletons). S es el número de especies en una muestra, a es el número de singletons y b es el número de doubletons.
Métodos no paramétricos para medir riqueza específica
Jackknife de primer orden
: Se basa en el número de especies que ocurren solamente en una muestra (L). El número de muestras es m. Es una técnica para reducir el sesgo de los valores estimados, en este caso para reducir la subestimación del verdadero número de especies en una comunidad.
Chao1=S + (a^2/2b)
Chao 2:
estima el número de especies esperadas considerando la relación entre el número de especies únicas (que sólo aparecen en una muestra o "uniques") y el número de especies duplicadas (que aparecen compartidas en dos muestras o "duplicates").
Chao2=S + (L^2/2M)
Jackknife de segundo orden
: Se basa en el número de especies que ocurren solamente en una muestra así como en el número de especies que ocurren en exactamente dos muestras.
Bootstrap
: Este estimador de la riqueza de especies se basa en pj, la proporción de unidades de muestreo que contienen a cada especie j
Curvas de acumulación por rarefacción
Permite hacer comparaciones de números de especies entre comunidades cuando el tamaño de las muestras no es igual. Calcula el número esperado de especies de cada muestra si todas las muestras fueran reducidas a un tamaño estándar, es decir, si la muestra fuera considerada de n individuos (n<N), ¿cuántas especies se habrían registrado?
Este método tiene la desventaja de que
desaprovecha mucha información
, ya que toma como medida general para todas las muestras el tamaño de la muestra más pequeña, dejando a un lado los datos extra de muestras con mayor esfuerzo de muestreo. Un problema serio de sobrestimación puede ocurrir cuando la muestra proviene de una comunidad con distribución agregada, por lo cual
se recomienda usar muestras grandes y ampliamente dispersas a través de la comunidad.
Restricciones de su uso en ecología:
1) Las muestras a ser comparadas deben ser consistentes desde el punto de vista taxonómico, esto es, que
todos los individuos pertenezcan al mismo grupo taxonómico supra especifico
.

2) El diseño de muestreo puede diferir en la intensidad del muestreo pero
no en el método de colecta
.

3) Los tipos de hábitat de donde se obtienen las muestras
deben ser similares
.
¿y cómo mido la diversidad beta?
Indice de Jaccard
donde
a = número de especies presentes en el sitio A
b = número de especies presentes en el sitio B
c = número de especies presentes en ambos sitios A y B
El intervalo de valores para este índice va de 0 cuando no hay especies compartidas entre ambos sitios, hasta 1 cuando los dos sitios tienen la misma composición de especies.
Índice de Sorensen
Relaciona el número de especies en común con la media aritmética de las especies en ambos sitios.
Cálculo de índices de diversidad
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