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Apresentação Doutorado

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by

Cláudia Bastos

on 20 May 2014

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Transcript of Apresentação Doutorado

39 espécies aceitas
7 lectótipos
1 neótipo
19 sinônimos novos
Chave, descrições, mapas, comentários
Sinonimização E. marxiana sob E. viridiflora
E. tarumana sob E. mapuerae
Coletas na região Norte são necessárias
Revisão completa
Monofiletismo de Encyclia
Padrões biogeográficos e morfológicos
Relações entre os grandes clados - politomia
Mais estudos
sépala dorsal
pétala
antera
sépala lateral
labelo
coluna
Cogniaux (1898-1902) - Flora Brasiliensis
-
Encyclia
dentro do gênero
Epidendrum
Hoehne (1952)
120 espécies - em 20 países
Dressler & Pollard (1974)
- revisão das espécies do México
Withner (1998)
- 41 espécies Mesoamericanas
Withner (2000)
- 77 espécies para a América do Sul,
- 55 espécies para o Brasil
Castro Neto & Campacci (2006)
- Icones Orchidacearum Brasiliensis I - 34 espécies
- Icones Orchidacearum Brasiliensis II - mais 9 espécies
Dressler & Pollard 1974
Pabst et al. 1981
Higgins 1997
Cláudia Bastos
Orientador:
Prof. Dr. Cássio van den Berg

Filogenia do gênero
Encyclia
Hook. (Orchidaceae - Laeliinae) e revisão taxonômica das espécies brasileiras

APRESENTAÇÃO
INTRODUÇÃO
OBJETIVOS
MATERIAIS E MÉTODOS
CAPÍTULO 2
CAPÍTULO 1
CONSIDERAÇÕES FINAIS
Introdução
Objetivos
Materiais e Métodos
Capítulo 1: Estudos Filogenéticos em
Encyclia
Hook. (Orchidaeae, Laeliinae)
Capítulo 2: Revisão taxonômica de
Encyclia
Hook. (Orchidaceae, Laeliinae) para o Brasil
Considerações Finais
Orchidaceae
- 22.000 espécies - 980 gêneros (Dressler 1993)
- Brasil: ca. 2.500 espécies – ca. 240 gêneros - com ca. 1.600 espécies endêmicas (Barros
et al.
2013)

Apostasioideae

Vanilloideae


Cypripedioideae


Orchidoideae

Epidendroideae

Górniak et al. 2010
1.400 exsicatas analisadas
43 herbários nacionais e internacionais
morfologia, geografia e ecologia - separação das espécies
delimitação das espécies:

ca. 150 espécies
Neotropical - desde a Flórida, México, Brasil até o norte da Argentina (Withner, 1998; 2000)
Brasil – 39 espécies; 29 endêmicas (Bastos,2013)
Barros
et al.,
2013 - 57 espécies; 44 endêmicas
Trabalhos que incluem
Encyclia
Sprunger, 1986

William Hooker (1828)
Tipo:
Encyclia viridiflora
Hook.
Rio de Janeiro, Brasil

van den Berg et al., 2009

Histórico taxonômico

Sprunger, 1986

Epidendrum
Hooker 1828
Lindley 1853
Schlechter 1914
Porto & Brade 1935
Hoehne 1952
Dressler 1961
van den Berg et al., 2005

Tribo Epidendreae
90 gêneros
6.200 espécies
5 subtribos
Subtribo
Laeliinae
2.073 espécies
40 gêneros
estritamente Neotropical


Encyclia
alliance

Sprunger, 1986


Encyclia

Brachycolumna

Leptophyllum

Dinema


Osmophytum

Hormidium

Euchile

Prosthechea

Dressler & Pollard 1971
Subgênero
Encyclia
Subgênero
Osmophytum

Staden package (Bonfield, 2003)

1. Consenso

3. Alinhamento


4. Ajustes visuais
2. BLAST

Trabalho de laboratório

6. Sequenciamento

5. Limpeza com Peg

4. Amplificação

3. Quantificação do DNA

2. Extração de DNA

1. Coletas

Encyclia
van den Berg et al., 2009

Seções
Seções
Realizar o estudo filogenético de
Encyclia
com base em dados moleculares e revisão taxonômica das espécies brasileiras do gênero
Filogenia

Amostragem
Grupo Externo
1.
Dinema polybulbon
Lindl.
2.
Isabelia virginalis
Barb.Rodr.
3.
Jacquiniella teretifolia
Britton & P.Wilson

Grupo Interno
1.
Encyclia

2.
Artorima erubescens
(Lindl.) Dressler & G.E.Pollard
3.
Alamania punicea
La Llave & Lex.
4.
Prosthechea calamaria
(Lindl.) W.E.Higgins

Muscle (Edgar, 2004)
BIOEDIT (Hall, 1999)
Alinhamento e
Indels
5.
Indels
Seq State (Muller, 2005)
Testes de Incongruência das partições - ILD
(Farris
et al.
, 1994)
(Baker & DeSalle, 1997)
PAUP versão 4.0b10a (Swofford, 2002)
TreeRot V2 (Sorenson e Franzosa, 2007) e PAUP
p < 0,01
Reconstrução filogenética
Máxima Parcimônia - PAUP 4.0 (Swofford, 2000)
- confiabilidade estatística – bootstrap





Inferência Bayesiana – MrBayes (Ronquist & Huelsenbeck, 2005)
- escolha do modelo evolutivo – MrModeltest (Nylander, 2008)

Reconstrução de caracteres morfológicos
MESQUITE 2.74 (Maddison & Maddison, 2010)
MATERIAIS E MÉTODOS
Revisão taxonômica
Barbosa Rodrigues (1877), Cogniaux (1898), Pabst & Dungs (1975, 1977), Fowlie & Duveen (1992), Withner (2000), Castro Neto & Campacci (2006) e Barros et al. (2013)
tratamento nomenclatural - McNeill et al., 2012
nomes válidos - protólogos e tipos
MATERIAIS E MÉTODOS
Revisão taxonômica
COMENTÁRIOS:
Formações vegetacionais, fenologia e material examinado - etiquetas dos herbários
Etimologia -
DESCRIÇÕES:
Terminologias morfológicas -
Dressler (1993), Harris & Harris (1994), Radford et al. (1974) e Stearn (2004)
Campacci (2003) e Stearn (2004)
Estudos filogenéticos em
Encyclia
Hook. (Orchidaceae – Laeliinae)
Formatado nas normas da Molecular Phylogenetics and Evolution
Aspectos biogeográficos
Conclusões e perspectivas
Irradiação de Epidendrae da América do Norte para a América do Sul (van den Berg, 2003)
Encyclia
- parte norte americana do México para a América Central e Caribe, depois América do Sul
Filogenia de
Encyclia
- importante passo
estruturação geográfica nas relações entre as espécies
Variação considerável de rpl32-trnL e trnD-T
Incongruência trnD-T – ILD e PBS
analisar dados incongruentes: ILD x PBS
Politomia
Melhor amostragem
Mais estudos: datação, províncias biogeográficas (Morrone, 2013)
AGRADECIMENTOS
CAPÍTULO 2
Revisão taxonômica de
Encyclia
Hook. (Orchidaceae, Laeliinae) para o Brasil
Formatado nas normas da Phytotaxa
39 espécies de
Encyclia
para o Brasil
1 espécie nova
102 sinônimos aceitos, 19 sinônimos novos
7 lectótipos
1 neótipo
2 nomes indicados como inválidos
1
nomen nudum
1 supérfluo
1 nova ocorrência para o Brasil
4 novas ocorrências para os estados brasileiros
CAPÍTULO 2
Caracteres morfológicos utilizados: qualitativos e quantitativos
hábito, pseudobulbo, folha, inflorescência, ovário, sépalas, pétalas,
labelo, lobos laterais do labelo, lobo mediano do labelo, calo do labelo
, coluna, estigma e antera
E. alboxanthina
Fowlie
E. seidelii
Pabst
E. chloroleuca
(Hook.) Neumann
E. xerophytica
Pabst
E. unaensis
Fowlie
E. oliveirana
Campacci
E. yauaperyensis
(Barb.Rodr.) Porto & Brade
E. advena
(Rchb.f.) Porto & Brade
E. argentinensis
(Speg.) Hoehne
E. bracteata
Schltr. ex Hoehne
E. fimbriata
C.A.Bastos, Van den Berg & Meneguzzo
E. conchaechila
(Barb.Rodr.) Porto & Brade
E. jenischiana
(Rchb. f.) Porto & Brade
E. oncidioides
(Lindl.) Schltr.
E. spiritusanctensis
L.C.Menezes ex L.C.Menezes
E. pachyantha
(Lindl.) Hoehne
E. chapadensis
L.C.Menezes
E. osmantha
(Barb.Rodr.) Schltr.
E. duveenii
Pabst
E. andrichii
L.C. Menezes
E. mapuerae
(Huber) Brade & Pabst
E. gonzalezii
L.C.Menezes
E. auyantepuiensis
Carnevali & I. Ramírez
Encyclia bohnkiana
Castro Neto & Campacci
E. thienii
Dodson
E. cyperifolia
(C.Schweinf.) Carnevali & I.Ramírez
E. bragancae
Ruschi
E. ionosma
(Lindl.) Schltr.
E. fowliei
Duveen
E. gallopavina
(Rchb.f.) Porto & Brade
E. caximboensis
L.C.Menezes
E. linearifolioides
(Kraenzl.) Hoehne
E. dichroma
(Lindl.) Schltr.
E. viridiflora
Hook.
E. patens
Hook.
E. patens
var.
serroniana
(Barb.Rodr.) Romanini & F.Barros
E. randii
(Barb.Rodr.) Porto & Brade
E. granitica
(Lindl.) Schltr.
HÍBRIDOS NATURAIS
×
Catyclia
×
intermedia
(F.E.L.Miranda) Van den Berg
E.
×
fabianae
B.P.Faria
NOMES EXCLUÍDOS
E
. ×
alcardoi
V.P.Castro & Chiron
E
.
amazonica
Brongn. ex Neuman
E. delicata
L.C.Menezes
E. jucuranensis
Pabst & A.F.Melo
E. reflexa
J.González
E. tripartita
(Vell.) Hoehne
E.
×
verboonenii
V.P.Castro & Campacci
TÁXONS NÃO CONFIRMADOS PARA O BRASIL
E. amicta
(L. Linden & Rchb. f.) Schltr.
E. cordigera
(Kunth) Dressler
E. ivonae
Carnevali & G.A.Romero
E. replicata
(Lindl. & Paxton) Schltr.
E. xipheroides
(Kraenzl.) Porto & Brade
TÁXONS DUVIDOSOS
E. acuta
Schltr.
E. albopurpurea
(Barb.Rodr.) Porto & Brade
E. bicalhoi
V.P.Castro & Bohnke
E. joaosaiana
Campacci & Bohnke
E. huebneri
Schltr.
E. oxyphylla
Schltr.
OBRIGADA!
REFLORA
PRONEX
Thiago Meneguzzo
Carla de Lima
Leilton Damascena
Família
DEUS

Higgins
et al.
2003
Secções de
Encyclia sensu lato
não foram mantidas
Separação dos gêneros afins
Encyclia sensu stricto
bem delimitado

Suporte de Bremer Particionado - PBS
Encyclia
Hook
.

INTRODUÇÃO
FILOGENIA
MATERIAIS E MÉTODOS
REVISÃO

E. pauciflora
(Barb.Rodr.) Porto & Brade

Consenso de maioria da BI com ITS,
rpl32-trnL
,
trnD-T
,
trnL-F
e
indels
combinados
Encyclia
monofilético
Filogenia reflete mais padrões geográficos
Heterogeneidade morfológica
Sem classificação infragenérica
Precisa de melhor amostragem das espécies centro americana
Análises individuais – pouco informativas
Análises combinadas – melhor topologia
Descartar dados incongruente?
ILD – mede níveis globais do desacordo entre as partições
PBS – mede suporte de cada partição nó a nó
Análise combinada ITS,
rpl32-trnL
,
trnD-T
,
trnL-F
e
indels
Dados Incongruentes - ILD

-
trnD-T

- ITS -

-
indels -

Maior
score
de valor negativo de PBS
-
trnD-T

-
indels

CAPÍTULO 1

89 terminais / 77 sp.
Encyclia
4 regiões de DNA usadas (10 testadas): ITS,
rpl32-trnL
,
trnL-F
e
trnD-T

(
primer
novo)
341 sequências: 88 ITS, 89
rpl32-trnL
, 85
trnD-T
e 79
trnL-F

100% LAMOL

rpl32-trnL
mais variável

trnD-T
maior resolução; mais caracteres informativos

Politomia
Doyle & Doyle 1987
entre plastídeos
plastídeos par a par
plastídeos e ITS
nucleotídeos e respectivos
indels
50-75% - baixo
76-85% - moderado
85-100% - alto
20 Mi
1
tree
a cada 1.000
desvio < 0,01
PP > 0,95
MAPAS (ESRI 2008)
ILUSTRAÇÕES
CHAVE DE IDENTIFICAÇÃO
tamanho do fragmento?
dados faltantes?
taxa de evolução rápida - homoplasias
alinhamento computacional não recupera os eventos evolutivos (Saurabh
et al.
2012)
origem biparental
melhora da topologia
Antera
Calo
com e sem caracteres constantes
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