Loading presentation...

Present Remotely

Send the link below via email or IM

Copy

Present to your audience

Start remote presentation

  • Invited audience members will follow you as you navigate and present
  • People invited to a presentation do not need a Prezi account
  • This link expires 10 minutes after you close the presentation
  • A maximum of 30 users can follow your presentation
  • Learn more about this feature in our knowledge base article

Do you really want to delete this prezi?

Neither you, nor the coeditors you shared it with will be able to recover it again.

DeleteCancel

Make your likes visible on Facebook?

Connect your Facebook account to Prezi and let your likes appear on your timeline.
You can change this under Settings & Account at any time.

No, thanks

Особенности сайтов связывания miRNA с mRNA генов участвующих

No description
by

Denis Zadubenko

on 31 October 2013

Comments (0)

Please log in to add your comment.

Report abuse

Transcript of Особенности сайтов связывания miRNA с mRNA генов участвующих

Особенности сайтов связывания miRNA с mRNA генов участвующих в апоптозе



Нуклеотидные последовательности mRNA генов человека получены из GenBank через использование компьютерной программы Lextractor002 . miRNA взяты из miRBase . Поиск генов-мишеней для miRNA проводили используя программу MirTarget. Программа определяет: начало сайтов связывания miRNA с mRNA; расположение сайтов в 5'-нетранслируемом участке (5'UTR), в белок-кодирующей части (СDS) и в 3'UTR mRNA; свободную энергию гибридизации (∆G, kJ/mole) и схемы взаимодействия нуклеотидов miRNA с mRNA. Сайты связывания miRNA с mRNA отбирали с отношением ΔG/ΔGm равным более 90%. Позиция сайтов связывания указана от первого нуклеотида 5'UTR mRNA. Для построения 2D-структуры использовали программу UNAFold 3.7 . При расчете учитывались и одинарные водородные связи между аденином и цитозином


Особенностью программы MirTarget является учет взаимодействия нуклеотидов miRNA с mRNA генов-мишеней не только между аденином (А) и урацилом (U), гуанином (G) и цитозином (C), G-U, но и между A и C посредством одной водородной связи .
Было отобрано 12 miRNA имеющих число сайтов связывания свыше 400 генов-мишеней для каждой и упорядоченное расположение сайтов относительно друг друга в пределах своей группы. В mRNA 41 генов участвующих в апоптозе, нами выявлено 149 сайтов связывания miRNA расположенные в 3'UTR, 8 сайтов – в 5'UTR и 4 сайта – в CDS с отношением ΔG/ΔGm равным более 90%. В 3'UTR генов-мишеней DFFA, VHL и SPN расположено 10, 14 и 29 сайтов связывания соответственно.
ВыпрыолВ
Изученные miRNA могут связываться с mRNA-мишенями в зависимости от сродства к этим mRNA и их концентрации. В большей степени будет происходить снижение скорости трансляции mRNA с высоким сродством к выявленным miRNA и находящаяся в меньшей концентрации по сравнению с miRNA. Значительная экспрессия генов-мишеней относительно изучаемых miRNA будут иметь низкое сродство к ней и будут менее зависимы от нее. Изменения экспрессии miRNA, которые могут связываться с высокой степенью комплементарности со многими mRNA генов и могут привести к дисбалансу экспрессии генов всего генома клетки. Сверхэкспрессия этих miRNA может привести к снижению трансляции mRNA генов апоптоза, что может привести к созданию условий для развития онкологических заболеваний.
Полученные результаты являются основой для дальнейшего исследования биологической роли этих miRNA в процессе апоптоза. Важным результатом работы является установление сайтов связывания miRNA во всех областях mRNA и выявление упорядоченности расположения их сайтов на вторичной структуре mRNA.


Д.В.Задубенко, О.А Берилло

Национальная нанотехнологическая лаборатория КазНУ им. аль-Фараби,
г. Алматы, Казахстан
Заключение
Материалы и методы
Full transcript