Что я узнал от команды 
Flex-разработчиков

Eclipse: Use Workspaces!
Создавать свой Workspace для каждого проекта. Настройки Eclipse по умолчанию оптимизированы под это, например, поиск по файлам по умолчанию настроен на поиск по Workspace.
Если есть branches, можно создавать Workspace для каждой ветки.
Использование мета-тега [Deprecated]. 
Он прямо в редакторе кода Flex Builder показывает предупреждения там, где  используются deprecated-свойства.
Google Site — для ведения проектной документации.
Google Spreadsheets — компактная точка быстрого доступа к большому багтрекеру.
Инструменты
В проект интегрирована многофункциональная 
панель отладки, которая:
Интегрирована с Alcon для ведения лога.
Отслеживает вызовы методов на сервере.
Запускает сборщик мусора.
Отображает Spy или KapInspect.
Запускает De Monster Debugger.
На лету редактирует серверные AMF Channels.
Трейсит события UI-компонентов.
Включает профайлер.
Profiler — это собственный класс, замеряющий время выполнения методов или блоков кода.

Облегчает поиск медленных методов.
Mетоды Agile
Eclipse
Ctrl + Shift + R - поиск ресурса. Умеет искать классы по аббревиатуре. Например, вместо ApplicationManagerStateProperties можно ввести просто AMSP. 

Поиск типов по Ctrl + Shift + T — такого делать не умеет.

SVN
Change Sets — Сила+1
Mylyn создает их 
автоматически
Рост девелопера:
Из дельфистов получаются хорошие флексеры.

Ctrl+3 - Quick Access
Быстрый доступ к 
элементам UI
(впервые - в Eclipse 3.3 M7)
Build Environment
TeamCity - free by JetBrains
Кластер — 4 узла (нода) (1 веб- и 3 build-)
Доступ с разделением прав
Генерирует среду (environment) для билда
Кросс-платформенный - Unix, Mac OS, Win
Web-интерфейс, AJAX UI
Интергация с IDE — логи, рестарт, сборка
Переход на сбой (fault) прямо из Eclipse
Ant / Maven / MSBuild
PMD-тесты — Java, PHP, Flex
Selenium

Сборка любой ревизии, не только HEAD
Continous Integration
Daily build
Weekly build

Agile!
Code Behind
Формально может быть обозначен
как анти-паттерн, а на практике неудобств нет.

Но нет и хорошей поддержки во Flex Builder
Команды по модулям —
друг рядом с другом

Парное и полуторное 
программирование/дебаг

QA всегда  рядом